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【求助】请问引物2聚体大约是多少BP?
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发表于: 2015-12-31 15:42 作者: xue258 来源: 分析测试百科网
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【求助】请问引物2聚体大约是多少BP?
我的目的片段是98bp.每次看PCR产物电泳结果都分不清到底是我的目的片段还是引物2聚体.请问引物2聚体大约是多少BP?有什么方法可以减少引物2聚体?
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【求助】请问引物2聚体大约是多少BP?
我也来说两句
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12xunmei
(2015-12-31 15:42:28)
同问这个问题,
我的目的也这么大,
听说用热启动可以避免一下。但很多时候都很难确定的。
欢迎高手进入
misswu61
(2015-12-31 15:42:49)
楼上的2位朋友,你们这么小的片段为什么不交给公司合成呢?多不了多少钱的。而且可以合成4个OD,绝对够用了!
引物二聚体就只有几十个bp,跑胶时别忘了加marker就行了嘛。
xue258
(2015-12-31 15:43:08)
我想做RT的半定量,公司合成没用的。用了MARKER,也不太好区别呀,感觉又象带又象引物2具体。各位高手,大家来讨论一下,遇到这种情况有什么好的解决方法呢?
3.14
(2015-12-31 15:43:29)
2聚体大概都是在100bp位置的模糊带,和你的98应该是挺难区分的。
zhenxin
(2015-12-31 15:43:45)
的确很难区分,减少引物的量可以一定程度上减少引物二聚体!
莲花白
(2015-12-31 15:44:24)
的确很难区分,减少引物的量可以一定程度上减少引物二聚体!
yayya
(2015-12-31 15:51:04)
100bp左右,
消除的方法:
1.提高退火温度,可高至65度。
2.减少引物用量,如50ul 体系只用0.25ul(20uM)!
3.减少循环数,< 30.
4.dNTP用量减半。
当然,如果因物本身设计不合理的话,这些改进的意义就不会太大,这其中退火温度的影响最大!
wawa
(2015-12-31 15:55:56)
引物二聚体一般是60--70bp
你可以稀释引物,来减少二聚体的形成
loli
(2015-12-31 15:56:17)
一般是几十至一百BP左右,电泳条带模糊,如果条件允许的话,可以通过测序来区分引物带和目的条带
想减少引物二聚体,可以这样实验一下:在配PCR反应液的时候,在冰上操作,开机预热PCR仪,所有准备好之后,再加引物对,这样可有效减少杂带及引物带的形成
okhaha
(2015-12-31 15:56:37)
引物二聚体的大小是80bp左右,你的片断和我的差不多大小,我的是100bp,我前几天就为怎么区分而苦恼,所以我作了个总结。你看看,呵呵,合成也是一个办法,不过加上酶切什么的,花费会高些,但是我重在学技术,所以自己扩,你要赶时间就合成吧
2. DXY上的建议:
1. 可以用非变性PAGE胶电泳,应该能分开的,理论上说分辨率达到1个碱基。可以用非变性丙烯酰胺凝胶电泳进行分离鉴定Big SmileNA在丙烯酰胺凝胶中的有效分离范围:
丙烯酰胺(W/V):12% 有效分离范围(bp):40-200
15% 25-150
电压一般是1-8V/cm, 6个小时后银染即可分辨你的两个片段
2. 可以用1.3%TAE的长胶,在30伏的电压下(中号电泳槽),跑16-20小时是应该可以分开的。
3. 用2.5%的琼脂糖就能分开,我们实验室经常用它来分开相差28bp的片段,效果很好,看的很清楚,但有几点要注意,缓冲液要是新配的,电压100v跑10分钟,接着50v跑一个 半小时,到两个小时。
4. 理论上用1.5或者2.5琼脂糖应该都可以分开,在电泳的时候电压不适宜太大,用40-50v跑上2小时左右应该就可以了。电压加大到80v或者100v的时候虽然节省实验时间,但是有时条带的效果看起来就不是很好。还有就是似乎你的Marker选择的不好,即使电泳能够分开两条带,这个Marker也很难来说明你的目的条带和内参带的大小。
5. 用聚丙烯酰胺跑垂直电泳。
1。需要单独的垂直电泳槽,及配置聚丙烯酰胺凝胶。
2,具体的做法可以到 生物谷 网站,有详细的说明。
3,你可以用5%的琼脂糖跑一下。
建议你跑PCR的时候做个阴性对照,只加引物,电泳时看阴性对照引物二聚体的位置,以区分拟订目的片段71bp条带,或是电泳时直接加一空引物做对照
. 若是非特异扩增的小片段条带
可以引物浓度不变,升高一下褪火温度。设计一个引物浓度梯度,接着降引物浓度 。
除了做引物浓度梯度,可以降低一下Mg离子浓度,或者干脆做一个镁离子浓度梯度,降低退火温度肯定是非特异产物更多的 。引物二聚体的出现是相对的,并不是单纯因为你的条件而导致二聚体的出现,事实上如果引物更倾向于和目的片断结合,正常pcr扩增的话,那引物二聚体就基本不会出现了,换句话说,如果你能扩增出目的条带,那么同样的条件,撤去模板,进行pcr循环就有可能出现引物二聚体。引物二聚体的出现并不可怕,只是说明你的引物不是最佳,但不直接决定能否扩增出来,通常只要引物和目的片断有一定的配对区,摸索合适的pcr条件,应该是能扩增出来的。
单纯依靠降低退火温度,不能解决这一问题,反而会增加非特异扩增的机会。建议你先摸索一下退火温度,提高退火温度常可解决问题。从你的条带位置看,不像是二聚体,到像是非特异扩增的条带,很可能引物设计的不好,还有另一位置扩增效率更高,因为条带短,更容易扩增出来。另外,你用的引物浓度也太高了。正常情况下,终浓度0.1-1uM。
电泳都是引物二聚体,内参是GAPDH,原因可能是模板量太少,1.RNA抽提的问题。抽完RNA后应立即测一下纯度。可以用紫外分光光度仪或甲醛变性琼脂糖凝胶电泳,紫外分光光度计算A260/A/280值,如果在1.6-1.8之间,表明纯度较好,低于辞职说明有蛋白污染,高于此值说明可能有RNA降解。琼脂糖电泳可以大致的估计一下 看三条带的亮度,28S〉18S〉5.8S。2.RT没做成功。关于逆转录的反应体系的影响因素都要考虑进去,为了防止RNA被痕量的RNase 降解,一般还应加入RNase抑制剂。3.如果RT没问题,就加大模板的量再扩扩试试。
其对策有:①必要时重新设计引 物。②减低酶量或调换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。
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12xunmei (2015-12-31 15:42:28)
同问这个问题,
我的目的也这么大,
听说用热启动可以避免一下。但很多时候都很难确定的。
欢迎高手进入
misswu61 (2015-12-31 15:42:49)
楼上的2位朋友,你们这么小的片段为什么不交给公司合成呢?多不了多少钱的。而且可以合成4个OD,绝对够用了!
引物二聚体就只有几十个bp,跑胶时别忘了加marker就行了嘛。
xue258 (2015-12-31 15:43:08)
我想做RT的半定量,公司合成没用的。用了MARKER,也不太好区别呀,感觉又象带又象引物2具体。各位高手,大家来讨论一下,遇到这种情况有什么好的解决方法呢?
3.14 (2015-12-31 15:43:29)
2聚体大概都是在100bp位置的模糊带,和你的98应该是挺难区分的。
zhenxin (2015-12-31 15:43:45)
的确很难区分,减少引物的量可以一定程度上减少引物二聚体!
莲花白 (2015-12-31 15:44:24)
的确很难区分,减少引物的量可以一定程度上减少引物二聚体!
yayya (2015-12-31 15:51:04)
消除的方法:
1.提高退火温度,可高至65度。
2.减少引物用量,如50ul 体系只用0.25ul(20uM)!
3.减少循环数,< 30.
4.dNTP用量减半。
当然,如果因物本身设计不合理的话,这些改进的意义就不会太大,这其中退火温度的影响最大!
wawa (2015-12-31 15:55:56)
引物二聚体一般是60--70bp
你可以稀释引物,来减少二聚体的形成
loli (2015-12-31 15:56:17)
一般是几十至一百BP左右,电泳条带模糊,如果条件允许的话,可以通过测序来区分引物带和目的条带
想减少引物二聚体,可以这样实验一下:在配PCR反应液的时候,在冰上操作,开机预热PCR仪,所有准备好之后,再加引物对,这样可有效减少杂带及引物带的形成
okhaha (2015-12-31 15:56:37)
2. DXY上的建议:
1. 可以用非变性PAGE胶电泳,应该能分开的,理论上说分辨率达到1个碱基。可以用非变性丙烯酰胺凝胶电泳进行分离鉴定Big SmileNA在丙烯酰胺凝胶中的有效分离范围:
丙烯酰胺(W/V):12% 有效分离范围(bp):40-200
15% 25-150
电压一般是1-8V/cm, 6个小时后银染即可分辨你的两个片段
2. 可以用1.3%TAE的长胶,在30伏的电压下(中号电泳槽),跑16-20小时是应该可以分开的。
3. 用2.5%的琼脂糖就能分开,我们实验室经常用它来分开相差28bp的片段,效果很好,看的很清楚,但有几点要注意,缓冲液要是新配的,电压100v跑10分钟,接着50v跑一个 半小时,到两个小时。
4. 理论上用1.5或者2.5琼脂糖应该都可以分开,在电泳的时候电压不适宜太大,用40-50v跑上2小时左右应该就可以了。电压加大到80v或者100v的时候虽然节省实验时间,但是有时条带的效果看起来就不是很好。还有就是似乎你的Marker选择的不好,即使电泳能够分开两条带,这个Marker也很难来说明你的目的条带和内参带的大小。
5. 用聚丙烯酰胺跑垂直电泳。
1。需要单独的垂直电泳槽,及配置聚丙烯酰胺凝胶。
2,具体的做法可以到 生物谷 网站,有详细的说明。
3,你可以用5%的琼脂糖跑一下。
建议你跑PCR的时候做个阴性对照,只加引物,电泳时看阴性对照引物二聚体的位置,以区分拟订目的片段71bp条带,或是电泳时直接加一空引物做对照
. 若是非特异扩增的小片段条带
可以引物浓度不变,升高一下褪火温度。设计一个引物浓度梯度,接着降引物浓度 。
除了做引物浓度梯度,可以降低一下Mg离子浓度,或者干脆做一个镁离子浓度梯度,降低退火温度肯定是非特异产物更多的 。引物二聚体的出现是相对的,并不是单纯因为你的条件而导致二聚体的出现,事实上如果引物更倾向于和目的片断结合,正常pcr扩增的话,那引物二聚体就基本不会出现了,换句话说,如果你能扩增出目的条带,那么同样的条件,撤去模板,进行pcr循环就有可能出现引物二聚体。引物二聚体的出现并不可怕,只是说明你的引物不是最佳,但不直接决定能否扩增出来,通常只要引物和目的片断有一定的配对区,摸索合适的pcr条件,应该是能扩增出来的。
单纯依靠降低退火温度,不能解决这一问题,反而会增加非特异扩增的机会。建议你先摸索一下退火温度,提高退火温度常可解决问题。从你的条带位置看,不像是二聚体,到像是非特异扩增的条带,很可能引物设计的不好,还有另一位置扩增效率更高,因为条带短,更容易扩增出来。另外,你用的引物浓度也太高了。正常情况下,终浓度0.1-1uM。
电泳都是引物二聚体,内参是GAPDH,原因可能是模板量太少,1.RNA抽提的问题。抽完RNA后应立即测一下纯度。可以用紫外分光光度仪或甲醛变性琼脂糖凝胶电泳,紫外分光光度计算A260/A/280值,如果在1.6-1.8之间,表明纯度较好,低于辞职说明有蛋白污染,高于此值说明可能有RNA降解。琼脂糖电泳可以大致的估计一下 看三条带的亮度,28S〉18S〉5.8S。2.RT没做成功。关于逆转录的反应体系的影响因素都要考虑进去,为了防止RNA被痕量的RNase 降解,一般还应加入RNase抑制剂。3.如果RT没问题,就加大模板的量再扩扩试试。
其对策有:①必要时重新设计引 物。②减低酶量或调换另一来源的酶。③降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。④适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。
【求助】请问引物2聚体大约是多少BP?