【求助】qRT-PCR数据处理

最新回复

• 气泡 (2016-1-06 15:07:06)

  如果觉得你的系统不能保证你的梯度条件等要求，可以考虑减少梯度的点。
  关键还是看实验结果能不能支持你的结论。

• 爱老虎游tt (2016-1-06 15:07:42)

  QUOTE:

  原帖由 气泡 于 2016-1-6 15:07 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  如果觉得你的系统不能保证你的梯度条件等要求，可以考虑减少梯度的点。
  关键还是看实验结果能不能支持你的结论。

  是中间有一个点，不知道什么原因

• 气泡 (2016-1-06 15:07:57)

  有时候是系统不够十分稳定，引起的随机误差。

• summerxx (2016-1-06 15:08:22)

  QUOTE:

  原帖由 爱老虎游tt 于 2016-1-6 15:06 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  大家好，我做了一组qRT-PCR数据，前面趋势还可以，其中有一组不行，我可以直接把这组数据舍掉么？请问发过SCI的战友，qRT-PCR到底需要提供什么给审稿人呢？谢谢大家 ...

  我们老板讲过一个笑话：
  看到一个在审的稿子里有人的数据中做了刺激后的2小时，4小时，48小时，他默默地囚圈起数据，给编辑回了个数据操纵。

• 气泡 (2016-1-06 15:08:47)

  QUOTE:

  原帖由 summerxx 于 2016-1-6 15:08 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  我们老板讲过一个笑话：
  看到一个在审的稿子里有人的数据中做了刺激后的2小时，4小时，48小时，他默默地囚圈起数据，给编辑回了个数据操纵。

  这个时间点取的确实搞笑。时间点分布也太有个性了。

• 爱老虎游tt (2016-1-06 15:09:08)

  QUOTE:

  原帖由 summerxx 于 2016-1-6 15:08 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  我们老板讲过一个笑话：
  看到一个在审的稿子里有人的数据中做了刺激后的2小时，4小时，48小时，他默默地囚圈起数据，给编辑回了个数据操纵。

  我加的是oxLDL，做凋亡的也是这八个浓度，请问发文章，qRT-PCR需要提供什么吗，还是只需要一个图呀？

• zhenxin (2016-1-06 15:18:36)

  
  扩增曲线，融解曲线，Ct值表格，表达量分析数据，柱形图

• 爱老虎游tt (2016-1-06 15:19:01)

  QUOTE:

  原帖由 zhenxin 于 2016-1-6 15:18 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  扩增曲线，融解曲线，Ct值表格，表达量分析数据，柱形图

  那我做了三组平行对照，取其中两组进行统计的行不行呀？很严格么？

• vera+ (2016-1-06 15:19:17)

  
  最好还是三个重复，如果其中有一个差异大些的话，呵呵，为了发文章的话，去掉一个也不是不可以的。

• 爱老虎游tt (2016-1-06 15:19:39)

  QUOTE:

  原帖由 vera+ 于 2016-1-6 15:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  最好还是三个重复，如果其中有一个差异大些的话，呵呵，为了发文章的话，去掉一个也不是不可以的。

  您不是说需要原始图片吗，这样的话，不就不行了？而且我的CT值差异较大，我没有那种八联管离心机，不知道和这个有没有关系。

• ending (2016-1-06 15:19:54)

  
  Ct值平行样之间最好差0.5以内，大于0.5小于1也勉强吧。
  CT值差异较大，有可能是加样不准，如果没有八联管离心机的话，加完样后可以用手甩甩，赶走气泡，注意气泡不能在液体底部，在液面上面不要紧。
  原始图片也可以啊，你选哪个孔不就出来哪个孔的曲线了吗？

• orangecake (2016-1-06 15:20:31)

  我加的是oxLDL，做凋亡的也是这八个浓度，请问发文章，qRT-PCR需要提供什么吗，还是只需要一个图呀？
  
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  我讲下我的现在做qPCR数据处理流程吧：
  1.我用的是ABI 7900HT来跑，用SDS2.4来分析，检测healthy 和patients两者表达miRNA的差异。
  2.反应结束后，先看融解曲线，因为SDS2.4可以看到Tm 值，一般看三个重复之间是不是一致。如果有差异，我默认是0.2到0.5度以内，视实验是验证还是筛选。筛选做的是多重反转。
  3.一般一个板里做两个内参，一是U6，一是5S，以2^(-Ct）换算，计算平均值，看两个内参之间有无差异，再以两者的Ct的平均数来做校准。
  4.各检测组的Ct减去内参的平均值，以2^(-deltaCt）换算成表达值，以mean/sd的形式表示。以非配对T　 test来算差异P值，用prism 绘制成图表。
  因为是比较正常与病态，只是用到delta Ct，没有用到delta delta Ct.

• pore (2016-1-06 15:20:45)

  重新把这组再做一遍，如果仍然与前面不一致的话，仍然可以发表，只要你能自圆其说即可，甚至如果得出阴性的结果，国外的编辑可能会感觉更可信，可能更愿意接收，现在国外的编辑都不太愿意相信中国人的数据了