iTRAQ技术优缺点简介

上一篇 / 下一篇  2017-01-24 18:51:59/ 个人分类:科研干货

iTRAQ技术,即同位素相对标记与绝对定量技术。该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究,具有较好的定量效果、较高的重复性。由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用。

iTRAQ的检测可以做这样的比喻,蛋白被打成肽段后,被平均的铺在了一个有384个孔的平板上,然后机器会从每个孔中选取浓度在前5名的蛋白进行鉴定和比对,所以,如果假设每个一个样本中有100个蛋白,他们的浓度均为1%,那么得到的结果就是蛋白的得分低,但是鉴定的蛋白数量会很多,可以达到90以上;如果一个样本中有100个蛋白,有3个蛋白的含量分别为302010、其他的97钟蛋白为剩下的50%,那么这三种蛋白的得分高,但是鉴定出的蛋白数量会比较少,也许只有50或者60个。因为一些高丰度的蛋白会大量分部在上述的小孔中,抑制了其他蛋白的检出效果。 
  
那么,iTRAQ的主要优势有哪些?
(1) 高通量
  
一次性定性和定量该样本的总蛋白,不用像双向电泳(2DE)DIGE要逐个斑点做鉴定;2DE可分离1500-2500个斑点(并且可能很多斑点对应同一种蛋白),而iTRAQ一般可鉴定2000种以上蛋白,其中常规动物组织或细胞可鉴定到4000-7000种蛋白;
(2)
结果直观、分析灵活

直接得到蛋白的定性和相对定量信息,可利用统计学方法快速筛选出各个组别的差异蛋白;能更好的结合基因组或转录组的数据,十分有利于后续研究。
(3)
对样本类型无限制
  
任何类型的样本均可做,当然数据库越全、鉴定到的蛋白种类越多;对于罕见物种,可提供转录组数据来检索,更容易找到有意义的蛋白。
(4)
加了数据的可靠性和相关性
  
一次上机的样本数高达8个,如果样本数多于8个,还可以在每次上机时设置内参,每个样本先跟内参比较,再相互比较(排除操作、环境和仪器误差),从而实现多组样本间的差异蛋白分析。 

SILAC标记技术的比较如下:

1.SILAC定量主要是一级质谱定量,iTRAQ主要是二级质谱定量
2.SILAC
是体内标记,需要在进行材料培养的时候就加入标记,主要使用在动物或植物细胞培养的过程中,针对其它类型的组织等样品就不适用,但是iTRAQ是体外标记,是将蛋白提取后再进行标记,可以适用于几乎所有材料样品。

3.两者的定量准确性及蛋白分辨率方面应该差别不是很大。

4.由于SILAC需要进行培养的过程中添加标记,所以需要比较长的时间才能比较彻底地标记,所以有钱有时间可选SILAC,需要快速就用iTraq




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  • 更新时间: 2017-01-24

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