蛋白质组数据分析之_数据库与工具(zz)

上一篇 / 下一篇  2011-07-26 12:37:57 / 个人分类:生物信息

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蛋白质组学研究中常用的网站和数据库(原文)

标签:蛋白质,数据库,研究

本帖引用网址:http://bbs.bbioo.com/thread-35586-1-1.html

一、蛋白质数据库

 

1.UniProt (The Universal Protein Resource)

 

 网址:http://www.uniprot.org/

       http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

 

简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)PIR(蛋白信息资源)SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成,提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等,同时提供其他数据库,包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。

 

 

2.PIR(Protein Information Resource)

 

 网址http://pir.georgetown.edu/

 

简介:致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释,其下的数据库有iProClassPIRSFPIR-PSDPIR-NREFUniPort,与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。

 

 

3.BRENDA(enzyme database)

 

 网址:http://www.brenda-enzymes.org

 

简介:酶数据库,提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。

 

 

4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian

protein complexes)

 

 网址http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html

 简介:哺乳动物蛋白复合物数据库,提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等

 

 

5.CyBase(cyclic protein database)

 

 网址http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase

 简介:环状蛋白数据库,提供环状蛋白的序列、结构等数据,提供环化蛋白预测服务。

 

 

6.DB-PABP

 

 网址:http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/

 

简介:聚阴离子结合蛋白数据库。聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用,此外许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。该数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据,与NCBI蛋白数据库存在交叉应用。

 

 

7.IUPHAR-DB

 

 网址http://www.iuphar-db.org

 

简介:G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。

 

 

8.GLIDA

 

网址http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/

 简介:G蛋白偶联受体-配体数据库,提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区,为新药发现提供了支持。

 

 

9.LOCATE

 

 网址:http://locate.imb.uq.edu.au/

 简介:哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库

 

 

10.InterPro

 

 网址http://www.ebi.ac.uk/interpro/

 简介:蛋白质综合数据库,从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库。

 

 

11.OKCAM

 

 网址http://okcam.cbi.pku.edu.cn

 简介:人体细胞粘附分子数据库。

 

 

 

二、蛋白质组数据库

 

1.GELBANK

 

 网址:http://gelbank.anl.gov

 

简介:提供全基因组的二维凝胶电泳图谱,搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。

 

 

2.SWISS-2DPAGE

 

 网址:http://www.expasy.org/ch2d/

 简介:提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。

 

 

3.SysPIMP(Systematical Platform. for Identifying Mutated

Proteins)

 

 网址http://pimp.starflr.info/

 

简介:通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时,其质谱图也会发生改变,通过蛋白质质谱图的改变,检测与疾病相关的突变。

 

 

4.Sys-BodyFluid

 

 网址:http://www.biosino.org/bodyfluid/

 

简介:人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据,包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。

 

 

5.BloodExpress

 

 网址:http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/

 简介:小鼠造血过程基因表达数据库

 

 

6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

 

 网址http://centrosome.dacya.ucm.es

 简介:人体中心体蛋白数据库

 

 

7.ConsensusPathDB

 

 网址http://cpdb.molgen.mpg.de

 简介:人类功能作用网络数据库,与多个数据库有交叉应用,提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。

 

 

8.Proteome Analysis Database

 

 网址:http://www.ebiac.uk.proteome/

 简介:蛋白质组分析数据库

 

 

10.HPRD(Human Protein Reference Database)

 

 网址:http://www.hprd.org/

 简介:人体蛋白文献数据库

 

 

11.NOPdb

 

 网址http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/

 简介:核仁蛋白组数据库

 

 

12.EndoNet

 

 网址:http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/

 简介:细胞通讯网络数据库,提供激素、激素受体相关信息

 

 

 

三、蛋白质互作、蛋白质网络数据库

 

1.3DID(3D interacting domains)

 

 网址:http://3did.irbbarcelona.org

       http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

 简介:搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息,可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB

IDPfam编码进行检索。

 

 

2.DOMINE

 

 网址:http://domine.utdallas.edu

 简介:结构域互作数据库。

 

 

3.PiSite(Database of Protein interaction sites)

 

 网址:http://pisite.hgc.jp

 简介:以PDB为基础,在蛋白质序列中搜寻互作位点。

 

 

4.Binding MOAD

 

 网址:http://www.BindingMOAD.org

 

简介:致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体,并附有详细注释,同时提供由实验而得的亲和力数据。

 

 

5.Phospho.ELM

 

 网址:http://phospho.elm.eu.org

 简介:蛋白质磷酸化位点数据库

 

 

6.SuperSite

 

 网址:http://bioinformatics.charite.de/supersite

 简介:蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库,提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。

 

 

7.STITCH

 

 网址:http://stitch.embl.de/

 简介:蛋白质-化合物作用网数据库

 

 

8.Reactome

 

 网址:http://www.reactome.org

 

简介:人体生命活动路径与过程数据库,提供生化过程网络图,并对参与其中的蛋白质分子有详细注解,与其他数据库如UniPortKEGGOMIM等建立了广泛的交叉应用。

 

 

9.PID(Pathway Interaction Database)

 

  网址:http://pid.nci.nih.gov

  

简介:由NCINature共同创立,提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网,可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。

 

 

10.UniHI(Unified Human Interactome database)

 

 网址:http://www.unihi.org

 简介:人体蛋白-蛋白相互作用数据库,可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。

 

 

11.VirHostNet

 

  网址http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php

  

简介:病毒-宿主分子互作网数据库,提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。

 

 

12.Bionemo(molecular information on biodegradation

metabolism)

 

 网址:http://bionemo.bioinfo.cnio.es

 

简介:搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据,包括

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