蛋白质组数据分析之_数据库与工具（zz）

蛋白质组学研究中常用的网站和数据库（原文）

标签：蛋白质, 数据库, 研究

本帖引用网址：http://bbs.bbioo.com/thread-35586-1-1.html

一、蛋白质数据库

 

1.UniProt (The Universal Protein Resource)

 

  网址：http://www.uniprot.org/

        http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

 

简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。

 

 

2.PIR(Protein Information Resource)

 

  网址：http://pir.georgetown.edu/

 

简介：致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。

 

 

3.BRENDA(enzyme database)

 

  网址：http://www.brenda-enzymes.org

 

简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。

 

 

4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian

protein complexes)

 

  网址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html

  简介：哺乳动物蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等

 

 

5.CyBase(cyclic protein database)

 

  网址：http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase

  简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。

 

 

6.DB-PABP

 

  网址：http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/

 

简介：聚阴离子结合蛋白数据库。聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用，此外许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。该数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据，与NCBI蛋白数据库存在交叉应用。

 

 

7.IUPHAR-DB

 

  网址：http://www.iuphar-db.org

 

简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。

 

 

8.GLIDA

 

网址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/

　简介：G蛋白偶联受体-配体数据库，提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区，为新药发现提供了支持。

 

 

9.LOCATE

 

  网址：http://locate.imb.uq.edu.au/

  简介：哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库

 

 

10.InterPro

 

  网址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

  简介：蛋白质综合数据库，从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库。

 

 

11.OKCAM

 

  网址：http://okcam.cbi.pku.edu.cn

  简介：人体细胞粘附分子数据库。

 

 

 

二、蛋白质组数据库

 

1.GELBANK

 

  网址：http://gelbank.anl.gov

 

简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。

 

 

2.SWISS-2DPAGE

 

  网址：http://www.expasy.org/ch2d/

  简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。

 

 

3.SysPIMP(Systematical Platform. for Identifying Mutated

Proteins)

 

  网址：http://pimp.starflr.info/

 

简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。

 

 

4.Sys-BodyFluid

 

  网址：http://www.biosino.org/bodyfluid/

 

简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。

 

 

5.BloodExpress

 

  网址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/

  简介：小鼠造血过程基因表达数据库

 

 

6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

 

  网址：http://centrosome.dacya.ucm.es

  简介：人体中心体蛋白数据库

 

 

7.ConsensusPathDB

 

  网址：http://cpdb.molgen.mpg.de

  简介：人类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉应用，提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。

 

 

8.Proteome Analysis Database

 

  网址：http://www.ebiac.uk.proteome/

  简介：蛋白质组分析数据库

 

 

10.HPRD(Human Protein Reference Database)

 

  网址：http://www.hprd.org/

  简介：人体蛋白文献数据库

 

 

11.NOPdb

 

  网址：http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/

  简介：核仁蛋白组数据库

 

 

12.EndoNet

 

  网址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/

  简介：细胞通讯网络数据库，提供激素、激素受体相关信息

 

 

 

三、蛋白质互作、蛋白质网络数据库

 

1.3DID(3D interacting domains)

 

  网址：http://3did.irbbarcelona.org

        http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

  简介：搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息，可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB

ID、Pfam编码进行检索。

 

 

2.DOMINE

 

  网址：http://domine.utdallas.edu

  简介：结构域互作数据库。

 

 

3.PiSite(Database of Protein interaction sites)

 

  网址：http://pisite.hgc.jp

  简介：以PDB为基础，在蛋白质序列中搜寻互作位点。

 

 

4.Binding MOAD

 

  网址：http://www.BindingMOAD.org

 

简介：致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体，并附有详细注释，同时提供由实验而得的亲和力数据。

 

 

5.Phospho.ELM

 

  网址：http://phospho.elm.eu.org

  简介：蛋白质磷酸化位点数据库

 

 

6.SuperSite

 

  网址：http://bioinformatics.charite.de/supersite

  简介：蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库，提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。

 

 

7.STITCH

 

  网址：http://stitch.embl.de/

  简介：蛋白质-化合物作用网数据库

 

 

8.Reactome

 

  网址：http://www.reactome.org

 

简介：人体生命活动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的蛋白质分子有详细注解，与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用。

 

 

9.PID(Pathway Interaction Database)

 

   网址：http://pid.nci.nih.gov

  

简介：由NCI和Nature共同创立，提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网，可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。

 

 

10.UniHI(Unified Human Interactome database)

 

  网址：http://www.unihi.org

  简介：人体蛋白-蛋白相互作用数据库，可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。

 

 

11.VirHostNet

 

   网址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php

  

简介：病毒-宿主分子互作网数据库，提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。

 

 

12.Bionemo(molecular information on biodegradation

metabolism)

 

  网址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es

 

简介：搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据，包括