生物信息软件安装篇

上一篇 / 下一篇 2010-12-23 11:18:26/ 个人分类：生物信息软件安装篇

平台刚刚搭建好，需要一些常用的工具软件的安装，现将遇到的问题简单记录如下，希望能够对有相关需要的朋友起到一定的帮助。

biopython 安装

下载地址： http://www.biopython.org/wiki/Download 选择适合自己机器的版本下载，我这里用到的是biopython-1.56.tar.gz 6,778 Kb -- Source Tarball
一般默认情况，系统是安装了python的，但是并没有安装python-dev，这个需要安装才能顺利的安装biopython
$ sudo apt-get install python-dev
然后进入解压好的biopython目录下常规的安装就可以了：
$ tar -zxvf biopython-1.56.tar.gz
$ cd biopython-1.56
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ python setup.py install
OK，应该就可以搞定了！

bwa samtool 编译安装

目前大多的生物信息分析都围绕着第二代测序数据，其中比较主流的应该属于illumina GA/GA2/Hiseq数据，难免要用到比对等生物信息手段。BWA and SAMtools是一个很好配套工具。
下载地址：BWA： http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
SAMtools：http://sourceforge.net/projects/samtools/files/
安装比较简单，直接解压然后 make就可以了。
不过有些情况可能会遇到问题，可能默认系统没有安装zlib包，可以简单使用一下明亮安装相关包
$ sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev

blat 编译安装

blat已经是一个很经典的比对软件，对其依赖也是比较多。
在安装的过程中由于编译环境的更新，可能会遇到这样那样的问题，下面将需要修改的地方罗列如下：
下载地址： http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
(1) 由于gcc版本更新问题可能出现如下的提示信息：
common.c:1880: error: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
这种情况就需要修改 src/inc/common.mk 文件，将 -Werror 字段去掉就可以顺利编译了。
(2) MACHTYPE变量问题
由于我的系统MACHTYPE变量值为x86_64-pc-linux-gnu，执行如下命令，将MACHTYPE重新赋值
$ export MACHTYPE=x86_64 #如果系统不同，需要修改成相应的值i386/i686/ ……
(3) 目录问题
在编译前要创建需要的目录路径
$ mkdir -p ~/bin/x86_64
修改了如下信息就已经可以顺利的进行编译了，编译后将~/bin/x86_64改名移动到我习惯的biosoft目录下。