生物信息软件安装篇

上一篇 / 下一篇  2010-12-23 11:18:26 / 个人分类:生物信息软件安装篇

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平台刚刚搭建好,需要一些常用的工具软件的安装,现将遇到的问题简单记录如下,希望能够对有相关需要的朋友起到一定的帮助。

  • biopython 安装
下载地址: http://www.biopython.org/wiki/Download 选择适合自己机器的版本下载,我这里用到的是biopython-1.56.tar.gz6,778 Kb -- Source Tarball
一般默认情况,系统是安装了python的,但是并没有安装python-dev,这个需要安装才能顺利的安装biopython
$ sudo apt-get install python-dev
然后进入解压好的biopython目录下常规的安装就可以了:
$ tar -zxvf biopython-1.56.tar.gz
$ cd biopython-1.56
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ python setup.py install
OK,应该就可以搞定了!
  • bwa samtool 编译安装
目前大多的生物信息分析都围绕着第二代测序数据,其中比较主流的应该属于illumina GA/GA2/Hiseq数据,难免要用到比对等生物信息手段。BWA and SAMtools是一个很好配套工具。
下载地址:BWA: http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
SAMtools:http://sourceforge.net/projects/samtools/files/
安装比较简单,直接解压然后 make就可以了。
不过有些情况可能会遇到问题,可能默认系统没有安装zlib包,可以简单使用一下明亮安装相关包
$ sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev

  • blat 编译安装
blat已经是一个很经典的比对软件,对其依赖也是比较多。
在安装的过程中由于编译环境的更新,可能会遇到这样那样的问题,下面将需要修改的地方罗列如下:
下载地址: http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
(1) 由于gcc版本更新问题可能出现如下的提示信息:
common.c:1880: error: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
这种情况就需要修改src/inc/common.mk 文件,将-Werror 字段去掉就可以顺利编译了。
(2) MACHTYPE变量问题
由于我的系统MACHTYPE变量值为x86_64-pc-linux-gnu,执行如下命令,将MACHTYPE重新赋值
$ export MACHTYPE=x86_64 #如果系统不同,需要修改成相应的值i386/i686/ ……
(3) 目录问题
在编译前要创建需要的目录路径
$ mkdir -p ~/bin/x86_64
修改了如下信息就已经可以顺利的进行编译了,编译后将~/bin/x86_64改名移动到我习惯的biosoft目录下。

  • pysam编译安装
这个是我在使用ABYSS软件时需要的一个包,安装中还需要另外的一个包cython
$ sudo apt-get install cython
就可以顺利的搞定了。
  • 其他的一些软件安装就比较顺利了,如:blast-2.2.24、MUMmer3.22、velvet_1.0.16、ssake_v3-7 ……
先就记录到这里吧,后面遇到问题再随时记录更新好了。

最后祝大家在工作中一切顺利!

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引用 删除 ruoyukexin   /   2012-01-08 16:29:16
写得不错,但是我想请问下,您在这说的samtool是在lindux系统下的吧?有没有在windows下运行的软件?我想下载windows下运行的,要是有的话能不能分享下,谢谢
 

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