2008年3月30日下午,质谱沙龙第六期活动在北京第二炮兵总医院制剂楼举行。这个系列活动已经举办了五期,由二炮总医院、北京师范大学质谱中心和AB公司共同发起和组织,由AB公司赞助,以专题报告和讨论为主,参与者均为从事液质联用工作的一线实验人员,互相交流仪器使用和应用方法的经验和心得。此次到会者分别来自二炮总医院、北京师范大学、军事医学科学院、西苑医院、朝阳医院、北大医学院、北医三院、空军总医院、北京益科生公司、SGS北京公司、AB公司等。分析测试百科网参加了该次活动。
质谱沙龙第六期现场
来自应用生物系统AB公司的李丹博士,作了题为《唾液的蛋白质组学》的报告,并在报告中分享了很多日常进行科学研究的经验感受。
李丹作《唾液的蛋白质组学》报告
此报告是基于一篇《蛋白质组图已绘出,唾液测试必将取代抽血化验》的研究报道而起的。李丹博士首先介绍了这一研究的大概内容。美国牙医学会和美国卫生部邀请了三个做蛋白质组学的实验室成立相应的课题粗,让这三家分别进行研究。这三个课题组分别来自于美国罗切斯特大学、南加州大学、加利福尼亚大学圣弗朗西斯科分校。研究员采集了23名健康男性和女性的腮腺、下颌下腺和舌下腺分泌的唾液。 根据对样本的质谱分析,他们鉴定出1116种蛋白质。研究人员把这些蛋白质与血液、眼泪中含有的蛋白质对比后发现,唾液含有的某些蛋白质与血液中影响老年痴呆症、乳腺癌和糖尿病等的蛋白质相匹配。罗切斯特大学医药中心研究员弗雷德·黑根说,唾液中20%的蛋白质与血液所含蛋白质相同,“这里面有许多(蛋白质)可以用作临床疾病诊断”。研究人员认为,此次试验得到的唾液蛋白质数量已足以制成基本的唾液蛋白质组图,用作健康人和病患的对比。
李丹博士引用了另外一个例子来说明如何通过分析唾液中的蛋白质来进行临床疾病诊断。这一研究主要是通过测定女性唾液中的一种名为c-erbB-2或HER2/neu的肿瘤标记物实现的。如果唾液中肿瘤标记物的含量升高,则强烈提示可能有乳腺癌。研究人员分离了可溶性唾液形式的HER2/neu蛋白,并分析了125个乳腺癌患者、乳房良性肿瘤和健康对照着唾液中的HER2/neu水平,结果发现87%的乳腺癌患者HER2/neu水平升高。
李丹博士针对这一研究总结道,唾液诊断由于非常简便,因此是以后的一个趋势,其前景非常可观。唾液看病不仅方便,而且价格也不贵。在乳腺癌检测手段上,唾液测试最终将取代让人不舒服且价格昂贵的乳房X射线检测。
然后重点介绍了蛋白质组学的两种研究策略:
“bottom-up”策略, 他是指从细胞、组织、体液中提取出的蛋白质混合物酶切后得到更为复杂的多肽混合物,经多维高效液相色谱分离后进行串联质谱鉴定获得肽段序列信息,再搜索蛋白数据库和人工释图确定最后的鉴定结果, 虽然此方法相对简单, 但是也有不足: (1)由于蛋白酶解产生大量的肽段,致使原始样品的复杂性显著增高; (2)不同实验室之间很难获得高重复性; (3)蛋白质的鉴定依赖于对少数肽段的分析, 可能导致蛋白质修饰信息的丢失。 bottom-up”适合于研究mRNA是单顺反子的微生物。
“topdown”策略, 即对蛋白质混合物分离后在蛋白水平上直接分析, 当前有几种因素限制这种策略的广泛应用: (1)目前的分离技术还不能把较复杂的蛋白混合物分离成单个蛋白质组分后进行质谱鉴定; (2)现阶段质谱直接鉴定的蛋白质分子质量最大能到229 kDa; (3)自动化程度低; (4)费用高、耗费时间。 鉴于以上几点的限制,当前一种常见折中办法是对蛋白质混合物预先分离后,每组组分酶切后在多肽水平分析。此方法适合于研究存在复杂的剪接体变化。
在介绍到此次研究的前处理工作时,李丹博士强调了把工作做细的重要性。
在讲到文献阅读时,建议看文献时要重点看图,因为文献精华一般都在的图表中。
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