de novo 测序

从头测序即de novo 测序，不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术，可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列，从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成，意味着这个物种学科和产业的新开端！这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后，可以构建该物种的基因组数据库，为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台；为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。华大科技利用新一代高通量测序技术，可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。

技术优势:

·         高通量测序：效率高，成本低；

·         高深度测序：准确率高；

·         全球领先的基因组组装软件：采用华大基因研究院自主研发的SOAPdenovo软件；

·         经验丰富：华大科技已经成功完成上百个物种的全基因组从头测序。

研究内容:

              基因组组装

              ■ K-mer分析以及基因组大小估计；

              ■ 基因组杂合模拟（出现杂合时使用）；

              ■ 初步组装；

              ■ GC-Depth分布分析；

              ■ 测序深度分析。

              基因组注释

              ■ Repeat注释；

              ■ 基因预测；

              ■ 基因功能注释；

              ■ ncRNA注释。

              动植物进化分析

              ■ 基因家族鉴定（动物TreeFam；植物OrthoMCL）；

              ■ 物种系统发育树构建；

              ■ 物种分歧时间估算（需要标定时间信息）；

              ■ 基因组共线性分析；

              ■ 全基因组复制分析（动物WGAC；植物WGD）。

              微生物高级分析

              ■ 基因组圈图；

              ■ 共线性分析；

              ■ 基因家族分析；

              ■ CRISPR预测；

              ■ 基因岛预测（毒力岛）；

              ■ 前噬菌体预测；

■ 分泌蛋白预测。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途