App Epi-01 核小体定位

核小体定位模式提取技术

全基因组核小体定位可以揭示染色质结与基因表达调控之间的关系。有研究已经证实RNA聚合酶RNA Pol II 与核小体在基因激活状态下处于竞争性占位关系。目前，高通量测序技术已经广泛用于核小体定位研究。单核小体双末端片段通过测序得以确定，通过数学算法计算核小体在基因组上的定位。然而，以往的核小体定位算法不能解决在细胞亚群中核小体定位于不同位置的概率和核小体具有均一核小体长度的假设。本方案将根据双末端的正反链read位移模式提取与预先设定的模式匹配来确定核小体在基因组上的定位。
 

主要分析内容与步骤： 
 

（1）核小体定位信号的模式建立和提取分析

根据混合高斯模型选择具有代表性的7种核小体定位模式（图例1），计算核小体在基因组上的定位信号谱。 

 

图例-1 核小体相位与基因转录活性之间的关联分析 

 

（2）对不同启动子类型分析核小体绑定模式

对所有基因的NFR区域宽度，靠近TSS的核小体定位（-1,+1）等位置上的核小体结合情况进行聚类，同时考虑TATA和TFIID等转录起始复合物结合状态；对核小体绑定状态下的基因进行分类，进而分析每类基因的核小体绑定模式（图例2A-C）。 

 

图例-2 分析不同启动子类型的核小体绑定模式 

 

（３）动态核小体定位位移的分析

对不同处理下、时间序列设计的项目中，可以结合RNA Pol II 状态，H2A.Z的改变分析核小体定位的位移（图例3，图例4） 

 

图例-3 对不同处理下、时间序列上的核小体定位位移的分析 

 

图例-4 RNA Pol II和H2A.Z定位与核小体定位联合分析 

 

（４）TSS邻近保守DNA motif组成和组织规律分析（图例5） 

 

图例-5 TSS邻近保守DNA motif组成和组织规律 
 

更多详情：http://www.biogenius.cn/htm/solution/BigData/epigenetics/305.html
 

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