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参考报价: | 面议 | 型号: | 互作转录组测序(Dual RNA-seq) |
品牌: | 康测科技 | 产地: | 武汉 |
关注度: | 180 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 |
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物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费一部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。
互作转录组(Dual RNA-seq),无需分离两物种,避免分离造成的干扰,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
(1)自主研发的建库技术,有效降低起始量;
(2)可结合UMI标签技术,提高比对率,让表达量分析精确度更上一个台阶;
(3)强大的生信分析团队,提供多种个性化分析;
(4)从方案设计、建库测序到数据挖掘,贴心全程陪伴,全力帮助您的研究。
沙门氏菌感染HeLa细胞过程中非编码RNA的调控作用
为了研究细菌感染细胞后两者的相互作用,作者使用带绿色荧光标记的沙门氏菌感染HeLa细胞,利用绿色荧光分离感染的细胞。然后分别对未感染细胞和感染后2~24小时的细胞进行Dual RNA-seq,同时研究感染过程中两个物种的mRNA和非编码RNA变化。
他们锁定了small RNA——PinT,在细菌感染宿主细胞的最初4个小时,PinT的表达量上调最为显著(图a、b),在感染过程中增加了近100倍。PinT受PhoP的调控(图d)。此外,PinT可影响宿主的转录模式,调控自身毒力相关基因SPI-1下调、存活相关基因SPI-2上调,而SPI-2可以调控宿主JAK–STAT信号通路上调。
参考文献
Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions.[J]. Nature, 2016, 529(7587):496-501.
武汉康测科技有限公司是由加州大学圣地亚哥分校(UCSD)、武汉大学、华中农业大学博士团队创建的高新技术企业。截至2017年底,团队核心成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA、Cell Reports等国际顶级期刊发表文章十余篇。公司秉承技术创新、服务至上的核心理念,与多所985/211院校、中国科学院的实验室建立了长期合作关系。
公司研发团队于2017年成功开发出绝对定量转录组(KC-DigitalRNA)、免疫组库(KC-IRQuant)、16S rDNA绝对定量、ctDNA检测(KC-SMP)等4项建库技术,并成功申请发明专利和配套数据分析系统的软件著作权。成为中国首家UID(UMI)绝对定量高通量测序服务平台,为广大科研工作者提供转录组(mRNA、lncRNA)/TCR/BCR/ctDNA/肠道微生物多样性等多种绝对定量测序服务。
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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途