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使用DS3000 Compact CE Sequencer的GC-rich序列的解析实例
发布时间：
2023-10-19 15:14
来源：
日立诊断产品（上海）有限公司
| 领域： | 分子生物学,基因/基因组/测序,其他生命科学,基因编辑 | ||
| 样品： | Human CCAAT enhancer binding protein alpha(CEBPA), Human retinoblastoma susceptibility protein(RB) | 项目： | 使用DS3000 Compact CE Sequencer进行GC-rich序列的解析 |
| 方案文件名 | 下载 |
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使用DS3000 Compact CE Sequencer的GC-rich序列的解析实例 |
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富含鸟嘌呤 (G) 与胞嘧啶 (C) 的序列 (GC-rich序列) 通常多出现在转录调控区域等的基因 组上功能重要的位置。在GC-rich序列中，时有发生聚合酶的延伸反应被阻碍，而在PCR与循 环测序反应中，导致无法获得目标产物的情况。可以考虑到的原因是由于鸟嘌呤-胞嘧啶形成 比腺嘌呤-胸腺嘧啶更稳定的碱基对，所以双链DNA不能很好地被解链。因此，可添加促进 DNA解链的添加剂 (PCR添加剂)。代表性的PCR添加剂有甲酰胺 (FA) 与甜菜碱 。
在此实验中，使用GC-rich序列，针对FA与甜菜碱的浓度及添加时间进行了研究。结果是，通 过添加PCR添加剂，即使在GC含量高于70%的情况下，也可获得PCR产物。另一方面，在循 环测序中如果添加PCR添加剂，不仅会降低信号强度，还会在波形数据中混入干扰峰，碱基的 错误读取 (读取错误) 也有所增加。
