生命有机化学国家重点实验室
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实验室依托中国科学院上海有机化学研究所,依托单位现代化的科学研究平台对所内外各部门开放和共享。我们充分发掘和利用现有的实验室大型仪器,建立了一系列细胞模型,利用建立的化合物库,来进行表型筛选,确定候选分子以及进一步的机理研究等做出了一些可喜的成绩。
拥有的主要仪器如下:
- 1. Inova-600兆核磁共振仪1台
- 2. 高性能集群式服务器1套(120 CPU),桌面图形工作站10台,配备Discovery Studio、Sybyl、MOE等高端分子模拟商业软件和数据库。
- 3. LC-MS液相质谱仪一台
- 4. Biocore 3000分子相互作用仪1台
- 5. Agilent高压液相色谱仪6台
- 6. P-1030旋光仪一台等。
此外,最近五年我室还新建设了化学生物学研究仪器平台。包括:
- 1. DM5000B自动数码显微镜
- 2. Olympus倒置相差显微镜
- 3. 贺力氏Biofuge Fresco冷冻离心机
- 4. Heto-80超低温冰箱
- 5. Syngene全自动凝胶成像系统
- 6. 细胞培养与冻存、复苏系统、贺力氏BB16UVCO2 培养箱、Elga超纯水仪等小型设备。
- 7. 建立了稳定的分子生物学基本技术平台,包括质粒转化、摇菌、收菌、抽取质粒和酶切鉴定等。
600兆核磁共振仪购于1990年,是亚洲第一台高场核磁共振谱仪。在2006年升级改装,并配装了低温探头;2008年,配合有机所新实验大楼建设,600兆谱仪搬至新实验大楼,并改造更换了新的部件(如高端频率前放与继电器)及UPS蓄电系统。
在2004年到2008年期间,开展了如下项目:1)完成系列蝎毒素溶液结构与功能研究;这些课题涉及与华中科技大学丁久平教授,中科院上海药物所胡国源教授等人合作;研究结果在JBC, Biochem., Proteins, BBRC等杂志上发表; 2)完成与乙肝发病有关的HB1F蛋白结构与功能研究,该课题与中科院上海生化所王源教授合作;3)完成MMP系列蛋白(包括MMP7,MMP12)结构与功能关系研究,以及与其小分子抑制剂识别机制研究;部分研究结果在J.Biomol NMR等上发表;4)与上海交大邓子新院士合作开展微生物代谢产物抗生素结构确定等工作,目前该项工作研究结果已经在Chem. & Biol.(2008)上发表;
有机所600兆谱仪一直奉行对外开放政策,制定了管理细则,进一步面向所内外全天开放。
高性能集群式服务器主要用于进行分子动力学模拟、虚拟筛选、量子化学计算等计算量较大的分子模拟研究,面向所内外开放。
BIACORE 3000生物分子相互作用测量仪用来定量测定蛋白-蛋白以及蛋白-小分子之间的相互作用,获得热力学以及动力学数据,由于设备维修维护等问题,面向所内外开放。
岛津LC-MS2010液质联用仪自2005年7月安装使用以来,已测试样品2万余只,实际使用机时6500多小时,该仪器面向全所及外单位开放,加入了上海市仪器公共服务平台,积极与东华大学、同济大学、上海应用工程技术学院及苏州中科天马肽公司、龙灯集团公司、浙江联化科技股份公司等公司、药厂配合,从事样品的分离,结构的测定工作。
其他仪器常年超负荷使用,如离心机用于细胞及微生物收集、蛋白及核酸收集、浓缩等;低温冰箱用于菌种、细胞及生物制品的低温保存等;Agilent高压液相色谱仪用于分离纯化等;P-1030旋光仪用于有机化合物的光学活性测定,并用于有机所新进研究生的教学。所有仪器均向所内外开放。
我们运用这些仪器和设备,建立了胃癌细胞(HGC,SGC7901等)、肺癌细胞(A549,H460等)等的MTT法抗肿瘤药物筛选平台、酪氨酸激酶抑制剂与细胞凋亡研究平台、天然产物类似物的药理筛选平台等。
主要仪器使用情况如下:
名称
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用途
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使用时间/年
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开放和共享程度
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功能开发
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常规仪器
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600兆核磁共振仪
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有机大分子、蛋白结构测定
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1620小时
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所内外开放
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集群式服务器
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分子动力学模拟、虚拟筛选、量子化学计算
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1600小时
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所内外开放
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LC-MS液相质谱仪
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质谱分析、结构鉴定
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2000小时
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所内外开放
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分子相互作用仪
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蛋白-蛋白以及蛋白-小分子之间的相互作用
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1200
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所内外开放
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高压液相色谱仪
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分离、纯化
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2000
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所内外开放
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旋光仪
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测定物质的光学活性
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1000
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所内外开放
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细胞培养系统
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二氧化碳培养箱
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细胞培养
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8000小时
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液氮容器
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细胞冻存
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8760小时
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倒置显微镜
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细胞培养
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1200小时
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超低温冰箱
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化合物存储、质粒、菌种保存
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8760小时
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分子生物学实验系统
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PCR仪
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基因扩增
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400小时
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恒温摇床
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质粒扩增,蛋白表达
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2400小时
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冷冻离心机
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质粒提取等
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1600小时
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蛋白纯化系统
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蛋白纯化
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800小时
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生命有机共享
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冷冻干燥仪
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蛋白冷冻干燥
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800小时
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紫外分光光度计
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核酸及蛋白定量
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300小时
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全自动凝胶成像系统
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凝胶成像分析
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400小时
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细胞生物学实验系统
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半干转印系统
及电泳槽
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蛋白检测
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1650小时
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荧光正置显微镜
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化合物筛选、免疫荧光等
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1500小时
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荧光倒置显微镜
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化合物筛选、免疫荧光等
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2000小时
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多功能酶标仪
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MTT、FP等的检测
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1000小时
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生命有机共享
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高速冷冻离心机
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细胞器分离等
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800小时
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生命有机共享
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在仪器管理方面,设立专门技术人员岗位负责对实验室的大型公共仪器装备的维护和管理。我们根据每台仪器设备各自的特性制订了操作规程,确保大型精密仪器正常运转。普通仪器专人维护,对每个测试者开放;特殊的大型仪器由专人保管和维护、专人测试、定期维修。并根据仪器的现状和室内经费的许可,不断更新、升级,先后对核磁共振仪的升级、质谱仪添加电喷雾离子源和PC软件、以及添置手性色谱柱和图形工作站等。实验室的几台大型仪器在这十多年来都保持着良好的运行状态,为室内外课题提供良好的服务。特别是我们的LC-MS液相质谱仪,承担了所内外大量样品的测试分析,为本所及其他单位的科研进行了优秀的服务。为了有利于分享机时和提高效率,将根据仪器和机时收取基本费用。收费标准内外统一,主要用于仪器维护、动力和耗材等。仪器设备的使用规则将公布于网站,便于开放浏览。