天然药物及仿生药物国家重点实验室
400-6699-117转1000
计算机辅助药物设计平台
该平台整合了目前生物信息学、分子模拟、化学信息学等药物设计的主流软件，并结合高性能的计算机，可实现 药物靶点的快速分析与确定、高通量药物虚拟筛选、先导化合物的优化以及合成路线的设计等药物发现与设计工作。主要的应用软件有：Discovery Studio: 药物发现和生物大分子计算方法与模拟工具的软件平台，包括生物大分子结构模拟与性质计算工具MODELER, CHARMm, Delphi等;分子间相互作用的快速和精确计算方法柔性对接、induced-fit等;基于Catalyst药效团方法的药物分子设计程序;全新结构的药物设计方法(De novo Drug Design);化合物组合库设计与分析, 2D/3D QSAR, 药物ADMET预测方法。Insight II: 分子建模的专业工具，帮助研究人员全面了解生物分子的结构与功能。它可应用于蛋白质的结构功能关系、生物分子模拟与计算、基于靶点结构的药物设计、生物分子核磁共振、抗体设计、教学、功能基因组等领域。Catalyst: 从药效团出发进行新药研究和开发的软件包。通过确立正确的药效团模型，并利用这一药效团模型及来自受体的信息形成约束条件，对Catalyst所管理的化 合物数据库进行检索。药效团模型可对检索得到的化合物活性进行预测与评价，帮助研究人员找到满足要求的先导化合物。Cerius2: 计算机辅助药物筛选设计软件之一，集成了从药物分子结构-功能关系(QSAR)研究、基于靶点结构的药物设计(SBDD)、高通量虚拟筛选、全新药物设计、ADME/T预测，到组合化学的全套工具，是药物化学家从事理论研究和具体实验方案设计的助手。Pipeline Pilot: 药物研发中的数据挖掘流程管理平台，能够对药物研发中的数据处理过程进行管理，拥有强大的数据整合、挖掘能力。它能够兼容任何不同来源、不同格式的各种数据，能够整合不同平台的各种应用程序。Felix: 核磁共振数据离线处理和图谱指认与分析软件的工业标准，可用于分析Bruker、Varian和JEOL等多种谱仪收集的高分辨率一维至四微同核与异核的 NMR数据，具有强大的数据处理、图象分析功能和灵活的可视化界面，帮助用户完成从核磁共振信号处理、谱峰指认归属、自旋系统检测和识别到约束条件的产生 等NMR图谱分析的各个阶段的工作。MDL化学信息数据库: 可实现化学反应信息库、固相有机反应数据库、有机合成数据库、杂环化学数据库、代谢数据库及化合物毒性数据库的检索，并提供MDDR/MDDR-3D (MDL Drug Data Report)及ACD-3D/ACD-SC等二维或三维结构数据库供使用人员检索或用于虚拟筛选。
另外，还有若干大小不同的应用软件，如AMBER、 Gromacs、Gaussian、NAMD、DOCK、Autodock、Dockvision、GOLD、Corina、Score、ZINC、 Ligbuilder、Builder、Flarm、VMD、Ligplot、TOPKAT、X-LogP和Blast等，可满足药物设计的不同需要。硬件系统包括：SGI Octane 2工作站一台、SGI Fuel 工作站一台、DELL Precision 470工作站两台、DELL Poweredge 2800服务器一台、DELL Poweredge 机架式服务器七台以及若干高性能的PC机。
平台负责人：张亮仁 教授 联系电话：82802567
仪器平台
2000年北京大学医学部在重点实验室仪器组的基础上组建了药学与化学分析实验室并由国家重点实验室管理，不断充实国际一流的仪器设备，建成了药学分析测试技术平台。在现代药学科学研究中，科研设备条件直接关系到研究的质量和水平。为保持天然药物及仿生药物国家重点实验室强劲的发展势头，满足科研和教学工作的需要，更好地实现其发展目标，本实验室基本完成对建室以来配置仪器设备的改造和更新换代。在国家重点实验室仪器设备专项基金(通过三次国家重点实验室的评估得到的设备更新经费)、教育部教育振兴计划"211工程"和"985"仪器设备专项基金的资助下，新配备了具有国际一流水准的仪器设备，包括：7.0 T Brucker 傅立叶变换高分辨质普仪、ABI MDS SCIEX API/QSTAR LC-MS联用仪、Finnigan TRACE 2000 GC-MS联用仪、AVANCE III 400兆核磁共振波谱仪、JASCO J-810型圆二色散光谱仪、Vario EL III型元素分析仪、Thermo Nicolet Nexus 470 型傅立叶变换红外光谱仪、Varian Cary Eclipse型时间停留荧光光谱仪、Varian Cary 300型时间停留紫外光谱仪、分析/半制备型Varian ProStar 210 HPLC、分析型Varian ProStar 230 HPLC以及Zetasizer Nano S型纳米粒度及绝对分子量分析仪、BIACORE3000型表面等离子共振仪(SPR)、 Beckman Coulter毛细管电泳仪，包括原有Varian INOVA-500 NMR波谱仪、JEOL AL-300 NMR波谱仪、Bruker ESP-300型电子自旋共振波谱仪等，共计17台大型仪器设备，总值2333万元人民币。满足了药学研究、教学、对外开放服务的要求，构建了仪器设备配备科学、合理、集约、资源共享的现代药学分析测试技术平台，仪器设备的功能亦已从单纯的测试项目向反应动力学研究、药物小分子与生物大分子相互作用、微机辅助药物设计过渡。这些仪器每次都通过上级的"计量论证"。其中300和400 MHz NMR已对全体研究生开放，大大方便了本室人员研究的同时也对外开放，满足了国内其他单位的测试服务。
平台负责人：李 军 副教授 联系电话：82805103
