北京大学蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室
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建室20多年来，本室科研人员主要在蓝藻异型胞分化与模式形成机制研究，棉花转录组学研究，拟南芥和水稻功能基因研究，AK6、AtWRKY1和DctB等重要生物大分子的晶体学及结构功能研究，蛋白-蛋白相互作用研究，蛋白质构像与功能关系研究，植物抗病机制研究，生物信息平台和数据库建设、生物信息学新算法研发以及统计学规律发现等领域取得了重要进展和突破。主要代表性成果有：
赵进东院士的课题组充分阐述了钙离子在蓝藻异型胞分化中的重要地位。
朱玉贤课题组运用基因组学及功能基因组学的方法，系统研究了纤维伸长期转录组变化规律，首次发现植物激素乙烯参与调控棉纤维细胞伸长，揭示了棉纤维发育的分子机制
他们还发现拟南芥bard1-3完全敲除突变体茎端分生组织出现了非常剧烈的异常。
瞿礼嘉课题组筛选出一个获得功能性卷叶突变体，证明该卷叶表型是由一个甲基转移酶基因的上调引起的。
许智宏院士和白书农教授课题组发现组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理拟南芥植株能引起根表皮细胞分化模式改变，证明组蛋白乙酰化水平改变会导致“模式基因”表达发生变化，并据此提出组蛋白乙酰化是介导决定根表皮细胞分化模式的位置信号的关键环节。
李毅课题组研究发现，水稻矮缩病毒(RDV)外层外壳蛋白P2具有膜融合蛋白功能，能够介导多胞体的产生。
郭红卫课题组首先发现乙烯能调控植物由暗转光时黄化状态变绿的过程，深入的实验证明此过程是由乙烯信号转导途径中的重要转录因子EIN3/EIL1蛋白起作用。
