上海中科新生命生物科技有限公司
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用户案例
家蚕丝腺组织细胞凋亡前后胞内蛋白质组学研究
客户名称：中国科学院上海生命科学院植物生理所
研究目的：
研究家蚕丝腺组织未发生凋亡（a）、刚刚发生凋亡(b)以及凋亡晚期(c)胞内蛋白质的组成及含量变化。
研究成果：
提取蚕丝腺体样品蛋白质，然后双向电泳及图像分析。获得了重复性较好的图谱10张，有1000个左右的可重复蛋白质点。在凋亡晚期的样品中，有43个点表达量下降，34个点的表达量上升。质谱鉴定了17个表达量不同的蛋白质，包括一些已经被多种实验研究同凋亡相关的蛋白质，比如caspases, proteasome subunit, elongation factor, heat shock protein 等。因此实验表明这些蛋白质可能参与家蚕的凋亡过程相关，为凋亡机制研究提供了新的思路。 该结果已经发表在SCI 杂志《Journal of Proteome Research》上。论文题目为《Proteomic Analysis of Silk Gland Programmed Cell Death during Metamorphosis of the Silkworm Bombyx mori》。
用shotgun技术进行中国人群血清蛋白组学分析
客户名称：中国医学科学院肿瘤研究所
研究成果：
严格筛选了20位健康汉族人（10位男性，10位女性）的血清。10位男性和10位女性的血清分别混合成两个样品进行鉴定。先除去6个高丰度蛋白，trypsin酶解，然后运用shotgun技术进行蛋白鉴定。共鉴定出了944个非高丰度蛋白。与HUPO血浆蛋白质组计划的结果相比较鉴定了185个高度可信蛋白。更重要的是鉴定出了一些低丰度蛋白（ng/mL级）如：complement C5 和CA125。这两个蛋白通常作为卵巢癌的肿瘤标志物。这将为人血浆蛋白质组学提供了重要信息，并且将推动疾病标志物的发现。该实验结果已发表于Proteomics 2005, 5, 3442–3453
深低温停循环下脑组织与正常温度停循环下脑组织差异蛋白质组学
客户名称：上海第二医科大学附属仁济医院
研究目的：
本实验旨在利用蛋白质组学技术对深低温停循环下脑组织与正常温度停循环下脑组织的蛋白质差异进行研究，为今后系统全面的研究分析深低温停循环的脑保护机理打下基础。
研究成果：
客户取SD大鼠6只，随机分为深低温实验组(3只)和常温对照组(3只)。客户负责脑缺血缺氧模型和标本采集工作。收集好的样本由液氮保存送至我公司进行样品制备。样品通过双向凝胶电泳分离和Image Master软件分析发现Ratio>1.5的考染点有14个。LC-MS鉴定到了24个可信蛋白。它们是细胞骨架蛋白、介导代谢的酶类、参与核酸合成、参与氧化应激反应的蛋白质及未知蛋白。鉴定到的已知蛋白的表达水平变化对于揭示深低温脑保护的机理有重要意义。未知蛋白在深低温脑保护中的作用还需要进一步的研究。
泪液蛋白质组学shotgun分析
客户名称：上海中医药大学附属普陀医院
研究目的：
依托单位关注于结膜松弛综合征的发病及诊断研究，比较结膜松弛症和正常人泪液中蛋白质成分的差异，从而发现结膜松弛症的发病机理。
研究成果：
依托单位收集结膜松弛症组和正常对照组各8例（8眼），采用毛细管从每只眼收集15μl泪液，本单位用shotgun方法检测泪液蛋白质，分别行溶液内酶解、反向高效液相色谱（RP-HPLC）分离、电喷雾离子化质谱(ESI-MS/MS)行质谱鉴定后生物信息分析。实验结果显示结膜松弛症组泪液中蛋白质共有356个，正常人泪液中蛋白质共有352个，两组中有119个相同蛋白质。对泪液中蛋白质按GOA分类后发现结膜松弛症组中出现的部分炎症反应相关蛋白、调节凋亡相关蛋白及凋亡相关蛋白在正常对照组中缺失，并且结膜松弛症中发现了防御素。本研究完成后将为揭示结膜松弛综合征发病机制提供非常有价值的线索，并获得诊断结膜松弛综合征的特异性指标，同时为治疗提供指导方向。迄今为止，关于此方面的研究国内外尚未见报道。由于结膜松弛综合征是常见的眼表疾病，此研究项目的完成将具有巨大的科学意义和社会意义。
骨性关节炎关节软骨蛋白质组学研究
客户名称：南京医科大学第一附属医院
研究目的：
拟运用双向电泳和质谱技术对骨性关节炎关节软骨和正常关节软骨蛋白质进行差异比较分析，寻找骨性关节炎的特异表达蛋白，从而为骨性关节炎的早期诊断、治疗提供指标和依据。
研究成果：
客户选择关节炎软骨和正常软骨各3例，置于液氮中运输至公司。由我公司进行样品制备。通过常规双向电泳Image Master软件分析报告发现有差异的Ratio值大于1.5的蛋白考染点5个。通过对这些蛋白考染点进行质谱鉴定，鉴定出24个可信蛋白质，有些是未经报道的新蛋白质。这一实验通过研究关节软骨的蛋白组成变化探索关节炎的病理生理过程。实验中发现的一些蛋白有可能对疾病的发生起重要作用。
乳腺癌转移相关蛋白鉴定
客户名称：复旦大学附属肿瘤医院
研究成果：
将移入无胸腺小鼠后转移至肺部的人类高转移乳腺癌细胞系MDA-MB-435和原代MDA-MB-435细胞对比。通过双向凝胶分离得到102个差异在3倍以上的蛋白点。其中高转移乳腺癌MDA-MB-435细胞中46个点下调，56个点上调。有2个点只在原代MDA-MB-435细胞中发现。通过质谱鉴定了其中的11个表达不同的点，并进行实时定量PCR和Western blotting验证。实验发现了与转移相关以及与病程重要相关的蛋白。这些蛋白对理解乳腺癌的转移分子机制并且寻找肿瘤转移过程中的标志物是有价值的。该实验结果已发表于Proteomics 2006, 6, 3352–3368
巨噬细胞膜蛋白质组分析
客户名称：吉林大学基础医学院
研究目的：
本课题旨在通过液质联用相关蛋白质组学技术，对不同状态下的巨噬细胞表面蛋白分子进行研究，目的是找到差异表达的蛋白分子。
研究成果：
由于膜蛋白的双向电泳技术目前仍然存在一些问题，因而依托单位选择了我公司的非凝胶路线的蛋白质组学技术。依托单位培养不同处理条件下的小鼠巨噬细胞，并提取细胞膜，低温运送至本公司，由本公司进行SDS-PAGE并将每个泳道的切为8份，每一份分别进行毛细管色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析。共鉴定到458个有功能注释的高可信蛋白。这些蛋白包括一些已经报道的巨噬细胞膜蛋白，其他细胞膜表面蛋白以及一些未经报道过的新蛋白。这一实验不仅对膜蛋白质组学的进行了技术上的创新，而且得到了宝贵的巨噬细胞表面抗原的数据，推进了对巨噬细胞功能的深入理解。该实验结果已发表于外文杂志（Zhang L. Proteomic analysis of macrophages: a new way to identify novel cell-surface antigens. Journal of Immunological Methods 321 (2007) 80－85）上。
