众所周知，基因加倍是新基因产生的主要原因。然而，为什么大多数加倍后的基因在进化过程中消失，而只有少数加倍后的拷贝被保留了下来并形成新的功能呢？进化生物学家们曾提出了两个模型试图解释新功能的起源，一是Mutation During Non-functionality （MDN）模型，认为新功能是在原本没有该项功能的基因通过加倍逐渐累积突变而来的；另一个模型叫Escape from Adaptive Conflict （EAC），认为新功能起源于某些原本具有双功能的基因，在新的环境压力下双功能中原本无足轻重的一个功能受到自然选择得到强化，但这种强化导致对老功能的弱化因而产生适应性冲突。基因倍增解除了这种冲突，并为各拷贝对新、老功能分别进行强化铺平了道路。由于很多蛋白具有主要功能以外的副功能，EAC被认为是基因新功能化的一个普遍的机制，但是迄今为止还没有完备的例子证实EAC模型的适用性。