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Nature报道华大基因收购美国测序公司

2012.9.26

   自2009年开始基因组测序以来,总部在加州山景城(Mountain View)的DNA服务公司Complete Genomics因其技术获得了良好的口碑,但在商业方面取得的成功却微乎其微。研究人员对其以最小错误生成完整人类基因组读数的能力非常看重,然而在2011年该公司高达7230万美元的亏损不禁让研究人员担心它的未来。现在中国的测序机构深圳华大基因(BGI)抛给了Complete Genomics一条救命索。

  9月17日,华大基因宣布同意合并这家正处于苦苦挣扎中的公司,将花费1.176亿美元购买它的股份。这一援救不仅受到了该公司董事局的欢迎,也将会获得担心选择减少成为基因组学一个问题的那些人的欢迎。

  加州斯坦福基因组学和个体化医疗中心主任Michael Snyder说:“如果现在Complete Genomics倒闭,Illumina将垄断整个市场。”位于加州圣地亚哥的Illumina公司所制造的仪器导致了全球大部分的测序输出。Snyder说维持行业内的竞争将有助于保持住低廉的价格,促进技术改进。

  像Complete Genomics一样,华大基因出售的是测试服务而非仪器或试剂,但它主要依赖Illumina制造的仪器。Complete Genomics拥有自己的设备和软件平台,专门用于测序全人类基因组。

  虽然比较不断变化的平台并不简单,一份2011年针对Complete Genomics和Illumina技术获得的相同基因组读段(read)的分析表明尽管前者发现的DNA序列变异相对标准参考数量要少,却更加的精确。在7月,Complete Genomics描述的一项技术将测序基因组的错误率减少到了每千万一个碱基对,并减少了生成序列所需的DNA的量。该技术还可以区分来自父亲和母亲相同染色体版本的DNA片段。例如它能够揭示突变是发生在某个基因的一个或是两个拷贝,由此推断个体是否具有罹患某种疾病的风险或仅仅是携带者。

  “这将改变全基因组注释和分析的游戏规则,”礼来(Eli Lilly)公司的遗传学家Thomas Barber说。华大基因的收购意味着研究人员将继续从这样的进展中受益。同一所有权下的两家公司将联合双方的优势。

  芝加哥股权投资公司William Blair分析师Amanda Murphy说Complete Genomics的专门技术市场稳定地增长。目前为止大部分的人类测序侧重于外显子组,大约1.5%的基因组编码蛋白质。但近期的ENCODE计划和其他的研究正在揭示非蛋白质编码区域的功能。她说:“我认为世界正在走向全基因组测序。但对于Complete Genomics而言需求没有足够快到自身坚持下去。”

  对于服务的需求也在增长。许多研究人员想要利用测序数据,但却不想投资在自己完成测序所需的技术和仪器上。甚至大型的学术测序中心通常拥有的测序项目也超越了能力。

  Complete Genomics技术一个主要的缺陷是需要两到三个月生成一段序列,阻碍了医学应用。但这一平台有望得到加快。荷兰鹿特丹bioinformatics负责人Peter van der Spek担心在华大基因之下创新将停滞,尽管华大基因的发言人称Complete Genomics目前的工作人员将留在公司,开发也将继续。

  贝勒医学院人类基因组测序中心主任Richard Gibbs说无论哪种方式,团队最好是有选择。“如果我们只有一种测试,一台机器和一种过程,事情将会发生,但却不会那么快。”

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