【求助】如何确定抗原表位？

最新回复

• baidukk (2015-9-05 14:38:12)

  
  传统上的疫苗，有很多预测方法，对于多糖疫苗，却只是在探索过程中。
  糖表位有自己的一些特点，比如刚性（糖分子通常有不同的glycoform），Molecular dynamics simulations in explicit solvent using as initial configurations the structures predicted by our algorithm show that the histo-blood group epitopes in these sugars are relatively rigid and that the whole family of oligosaccharides derives its conformational variability almost exclusively from their common linkage (beta-D: -GlcNAc-(1-->3)-beta-D: -Gal) which can exist in two distinct conformational states.[PMID18953494]
  对于偶联conjugate的糖疫苗，载体蛋白或者肽的表位预测与传统的预测方法是一致的。[PMID: 7532630]

• yizhi (2015-9-05 14:47:31)

  
  已知氨基酸序列，可以制备单克隆抗体，然后通过噬菌体体十二肽库的方法筛选抗原表位。这个你看行不？

• DCS (2015-9-05 14:47:51)

  
  我好些年前做过相关预测的，记得PUBMED上面有相关的子菜单中提供这一类的多肽表位的预测，你可以查查看。。

• 生物迷 (2015-9-05 14:48:15)

  谢谢，各位！我查了一些资料，据说，软件预测的表位多为线性表位，T细胞表位居多，而与抗体之间作用的应是B细胞表位，90%以上为构象表位。所以我想通过表达抗原蛋白，利用亲和层析的方法富集患者血清抗体，再到噬菌体肽库进行筛选，这样能够找到具有空间构象的B细胞表位吗？

• am10 (2015-9-05 14:48:35)

  QUOTE:

  原帖由 生物迷 于 2015-9-5 14:48 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  谢谢，各位！我查了一些资料，据说，软件预测的表位多为线性表位，T细胞表位居多，而与抗体之间作用的应是B细胞表位，90%以上为构象表位。所以我想通过表达抗原蛋白，利用亲和层析的方法富集患者血清抗体，再到噬菌体肽库进行筛选，这样 ...

  似乎可行，不过你要考虑AChR（——你说的应该是乙酰胆碱受体吧）表达不易得到天然构象，不溶性包涵体多见；另患者血清抗体该算多克隆的吧，如是筛选就没意义了。

• purrr (2015-9-05 14:49:15)

  
  不知道大家有没有想过这个问题…
  通过软件预测或噬菌体display的表位肽只能说明这些肽段和MHC具有一定亲合力…而没有从细胞/分子生物学角度考量这些肽段在DCs内的命运(被酶水解，从而不能被presentation)。
  这就可能导致你辛辛苦苦合成的表位肽根本没有生物学活性(虽然与MHC分子亲和力高)。
  大家有没有遇到这种情况的？

• 生物迷 (2015-9-05 14:59:53)

  利用乙酰胆碱受体的亚基作为抗原亲和层析富集患者血清抗体，尽管是多克隆抗体，筛选的表位应是针对乙酰胆碱受体的吧！？这个问题上我很纠结，谢谢您的提问，我很想明确这一点。

• 生物迷 (2015-9-05 15:02:21)

  QUOTE:

  原帖由 purrr 于 2015-9-5 14:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  不知道大家有没有想过这个问题…
  通过软件预测或噬菌体display的表位肽只能说明这些肽段和MHC具有一定亲合力…而没有从细胞/分子生物学角度考量这些肽段在DCs内的命运(被酶水解，从而不能被presentation)。
  这就可能 ...

  这种情况应该是有的，但目前确有用于检测抗体的多肽，20余个氨基酸，国外买到的冻干粉，按说明书直接包被板子，ELISA法测抗体，条件上没有特殊要求。