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上海海洋大学李晨虹教授到水生所进行学术交流
李晨虹教授作学术报告
11月15日，上海海洋大学特聘教授李晨虹应邀到中国科学院水生生物研究所进行学术交流，并为科研人员和研究生作了题为Gene capture and implications for evolutionary Biology的学术报告。
李晨虹教授以目前分子系统发育研究中存在的问题作为开篇，系统的讲解了目前分子分类研究中的主要问题，如长枝吸引，碱基组成偏差，变异速率的差异等等，进一步引出本次报告的主题：结合比较基因组学技术、靶基因捕获技术和第二代测序技术来对目标分子标记进行筛选、捕获和测序，从而获得大量合适的目标基因（单拷贝、进化速率较慢、进化动态符合分子钟和简单的模型、碱基组成均匀）。该方法首先从一个注释较好的基因组开始，通过BLAST比对编码基因与基因组其他区域的相似度，在基因组中没有与其本身相似的基因为单拷贝基因。找到每个有基因组序列的物种中的单拷贝基因后，根据不同物种中单拷贝基因的相似度，找出物种之间同源的单拷贝基因，即单拷贝直系同源基因。再根据这些序列设计探针，钓出所研究物种中对应的直系同源基因。通过分子编码，HiSeq2000一个lane一次可以测100个物种的1200个外显子，最后根据分子编码和基因将不同物种的序列分组，这样一次可以得到100个物种的1200个基因的数据，大大节省了传统PCR扩增的时间和费用。该方法已经在软骨鱼类中作了测试，结果表明目标基因的捕获率和覆盖度都非常理想，最为重要的一点是该方法同样适用于博物馆保存年代较久的降解严重的样品。
报告后，李晨虹教授同与会师生进行了热烈的讨论，并同水生所鱼类系统发育与生物地理学学科组的研究人员就可能的合作研究进行了深入的探讨与交流。
李晨虹是2011年上海市“东方学者”特聘教授，2007年获美国内布拉斯加大学博士学位。他首创基因组序列比较法寻找系统进化分子标记，提出了用聚类分析的方法对DNA序列进行分组，解决了系统进化学数据分析的难题，其研究成果在Systematic Biology等重要期刊发表。
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