推荐:Proteomics: A Trends Guide I
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2000%4001')
Protemics: A trends Guide II
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2001@19')
Trends in Biotechnology的两期蛋白质组学特刊,
免费下载的,要先注册。
我已经全下了!
最新回复
ukonptp (2014-4-02 22:20:31)
先介绍一个网站:
cuturl('http://cmbi.bjmu.edu.cn/cmbidata/proteome/index/index.htm')
cuturl('http://cmbi.bjmu.edu.cn/') 中国生物医学信息网
很多的介绍文章.很不错的.
birdfish (2014-4-02 22:21:28)
蛋白质组学不需要方法,只需要仪器。用荧光标记的样品跑2D,三维峰形显示分析软件分析,带机器人的workstation全自动实现扫描、抠点、脱色、干燥、酶解、孵育、点样,然后往maldi-tof一扔。一次1152个样品,我就不信做不出成果来!
可惜,这套东东买得起人不多
xingyi08 (2014-4-02 22:22:25)
俺们实验室穷买不起公司的(1万多美金呀),如果哪位大侠的实验室有分析2D胶的软件,不知能否借用一下。小弟不甚感激!
yyaxw84 (2014-4-02 22:23:00)
甚末数据库?
怎末打分?
结果出来怎末分析?
急!!!
先谢了!!!
remonte (2014-4-02 22:23:58)
请不吝赐教。
jujuba (2014-4-02 22:24:27)
cuturl('http://ca.expasy.org/sprot/')
搞蛋白不能不知道这个网站,可用以查蛋白氨基酸序列,及domain!
fqswdzd (2014-4-02 22:24:59)
下载网址 cuturl('http://www.people.virginia.edu/~wrp/papers/ismb2000.pdf')
fqswdzd (2014-4-02 22:26:52)
整合了生化学家研究蛋白最基本的运算与分析。主要功能有:Amino Acid Analysis, Building Block Sort, Digestion, Elemental Analysis, Mass Fragmentation, HPLC Retention Pattern, Isotopic Profile, Combinatorial Library, Molecular Weight, Sequence Parameters, Charge-pH Profile
下载网址 cuturl('http://www.legend2000.com/aminoXpress/software/amiXControls502.zip')
使用手册 cuturl('http://www.legend2000.com/aminoXpress/software/AmiManual50RTF.zip')
中文使用说明书 cuturl('http://www.bio-soft.net/down/aminoXpressCN.pdf')
kuohao17 (2014-4-02 22:27:14)
向大家推荐一个国内较好的蛋白质组学网站。
cuturl('http://www.proteomics.com.cn/')
希望对大家有帮助。
上面有好多好好东东,可惜我不搞蛋白质。
Ao7 (2014-4-02 22:29:24)
甚末数据库?
怎末打分?
结果出来怎末分析?
急!!!
先谢了!!!
......
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由于MALDI-TOF只是根据肽段的特征给出相关数据,并不能精确给出肽段的序列,同时,不同肽段的数据的组合可能会在结果上有一定的出入,因此,肽指纹图的数据库上的打分只能做为参考。运气好的话可以查到特异性较高的蛋白序列。(打分在65分以上)运气不好就根本查不到。尤其当研究的蛋白为未知蛋白时。
最近国内部分实验室好象要上新的质谱仪,在质谱同时进行末端测序,可测30个氨基酸左右。这样质谱的结果对蛋白的分析就精确多了。具体情况你可向法玛西亚公司咨询。
祝,好运!
Ao7 (2014-4-02 22:29:51)
请不吝赐教。
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先谢谢你提供的质粒。
2D电泳的蛋白上样量有多大?
我们实验室一般100微克到800微克。100微克做分析,700-800微克做质谱。根据你的实验,你先要摸摸条件,因为上样量小了,有些点就没有了。上样量大了,蛋白太浓分不开。
提蛋白时有什么要求?
根据你实验的要求,一般要冷冻离心。其他如蛋白的甲基化、磷酸化等则根据你的实验来定。不同需要细胞的破碎方法也不同。
胶上的蛋白可否进行质谱分析?质谱分析能估出多少个氨基酸?准确程度有多少?
可以,将感兴趣的点抠出,胰酶消化、抽提、干燥后,就可做质谱了。至于准确度,看我发的上一个贴子。如有问题,尽管说,或直接发在我的信箱里也行。
jiushikeshui371 (2014-4-02 22:30:31)
军科院仪器分析中心
上海基康生物技术有限公司
北京赛百盛生物工程公司
中科院上海生物化学研究所
北京大学生命科学院
湖南师范大学蛋白质化学实验室
okhaha (2014-4-02 22:30:56)
推荐:Proteomics: A Trends Guide I
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2000%4001')
Protemics: A trends Guide II
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2001@19')
Trends in Biotechnology的两期蛋白质组学特刊,
免费下载的,要先注册。
我已经全下了!
okhaha (2014-4-02 22:32:33)
再给大家介绍一个蛋白质研究方面的网站:3D-PSSM
是基于WEB的蛋白质折叠识别研究服务。可以提交1D和3D蛋白序列数据来计算蛋白质的二级结构和溶解性。
kuaizige (2014-4-02 22:32:52)
2D-PAGE结合MALDI-TOF质谱分析法费时费力,请大家关注SELDI-TOF质谱分析法!有兴趣的朋友可以浏览
cuturl('www.ciphergen.com.cn')
chuntian1983 (2014-4-02 22:33:21)
1 Delta 2D2 GELLAB II 3 Melanie 4 PD Quest 5 Phoretix 2D
5.2 Image Master 2D Elite5.3 InvestigatorHT Analyzer 6 Progenesis 7 Z3
8 proteomweaver
其中PD QUEST是bio-rad公司的,有多个版本。可免费试用。其中6.2版试用期为一个月,试用期内无功能限制。对于没有money的朋友来说不失为一很好的选择。我在的试验室用的是Image master,界面友好,使用时较其他几款容易上手。Melanie也有30天免费使用的。可到相应网站看看。
pd quest:cuturl('http://www.bio-rad.com')
melanie:cuturl('http://www.genebio.com')
Z3:cuturl('http://www.2dgels.com')
12xunmei (2014-4-02 22:33:51)
我们实验室专门做蛋白,不过我是新手,知道的不多,有什么问题大家可以讨论一下。
酵母双杂交,哺乳动物双杂交,GST 融合蛋白系统,GST沉降都是研究蛋白质的方法。
蛋白质之间的相互作用,蛋白质和DNA之间的相互作用很微弱,而且需要细胞内环境,普通的生物化学方法很难进行研究,因此蛋白质的研究滞后与DNA。
酵母双杂交,哺乳动物双杂交,是用两个载体分别带有编码GAL-4的AD(activation domain)与BD(binding domain)亚基的基因,在其后分别连接上我们要研究的蛋白编码基因。两种载体与另一个带有report基因的载体共转染酵母或哺乳动物细胞,如果所研究的两种蛋白有作用,则GAL4的AD与BD段将大量结合,report基因将大量表达,供我们检测。这两个系统都很不错,他们都是真核表达系统,能正确修饰蛋白,还有“区室”效应,很方便。
我用CLONTECH的盒子作的,效果不错!
GST Fusion Proteins System 对于蛋白的研究更有优势,借用一下:
cuturl('http://www.jiansuo.net/cgi-bin/ut/topic_show.cgi?id=32219&h=1&bpg=2&age=60')
另外,有什么方法研究蛋白间相互作用的,介绍一下!!
XYZQ (2014-4-02 22:34:57)
njkph (2014-4-02 22:35:21)
偶现在在家,没设备,但是也可以做。
现在蛋白质学研究方法
个人觉得应人结构生物学方面入手,
很多东西,不是靠很怎么样的设备,
多动动脑子很重要,
就像有计算器了,口算一些小数学都产生依赖。
3648755 (2014-4-02 22:35:42)
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=86&id=174385&tpg=1&ppg=1&sty=1')
【讨论专区】蛋白质组学研究方法