【求助】chimera 检查嵌合体

最新回复

• 831226 (2016-3-08 10:49:15)

  直接不是可以用网页版的Bellerophon 检测chimeras嘛，很方便的，网址
  cuturl('http://comp-bio.anu.edu.au/bellerophon/bellerophon.pl')

• any333 (2016-3-08 10:49:43)

  QUOTE:

  原帖由 831226 于 2016-3-8 10:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  直接不是可以用网页版的Bellerophon 检测chimeras嘛，很方便的，网址
  cuturl('http://comp-bio.anu.edu.au/bellerophon/bellerophon.pl')

  前辈啊，现在这个网页不能用了，还有其他的方法吗？最好是既能检测又能在检测后去除嵌合体序列的，我做的是环境样品的16S的

• 831226 (2016-3-08 10:50:13)

  QUOTE:

  原帖由 any333 于 2016-3-8 10:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  前辈啊，现在这个网页不能用了，还有其他的方法吗？最好是既能检测又能在检测后去除嵌合体序列的，我做的是环境样品的16S的

  可以用呀，为什么不能？我点开依然可以用。检测出来的嵌合体数据库和软件很多，这个是免费的网站，另外好像没有说有检测出来还能帮你剔除的，自己剔除就好。

• zhenxin (2016-3-08 10:50:30)

  QUOTE:

  原帖由 831226 于 2016-3-8 10:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  
  可以用呀，为什么不能？我点开依然可以用。检测出来的嵌合体数据库和软件很多，这个是免费的网站，另外好像没有说有检测出来还能帮你剔除的，自己剔除就好。 ...

  谢谢啦，是我这边的网络问题，现在能上去了

• 831226 (2016-3-08 10:51:08)

  你好，请问你知道怎么用Bellerophon了吗，如果知道能不能向你请教下啊

• 831226 (2016-3-08 10:51:31)

  用mathur软件也可以

• koook5695 (2016-3-08 10:51:54)

  Usearch软件的uchime功能可以做chimera check，我们课题组发高通量测序的SCI都用这个软件做chimera check，速度很快，对电脑配置要求很低，windows、linux都能用。
  
  原理：
  cuturl('http://drive5.com/usearch/manual/uchime_algo.html')
  
  软件下载：
  cuturl('http://www.drive5.com/usearch/download.html')
  
  说明及命令使用方法：
  1.带reference的方法（推荐！使用需下载一个gold文件，下面链接里有）
  cuturl('http://drive5.com/usearch/manual/uchime_ref.html')
  2. denovo方法：
  cuturl('http://drive5.com/usearch/manual/uchime_denovo.html')

• woshituzhu (2016-3-08 10:52:14)

  QUOTE:

  原帖由 koook5695 于 2016-3-8 10:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  Usearch软件的uchime功能可以做chimera check，我们课题组发高通量测序的SCI都用这个软件做chimera check，速度很快，对电脑配置要求很低，windows、linux都能用。
  
  原理：
  cuturl('http://drive5.com/usearch/manual/uchime_algo.html') ...

  你好，我下载好了安装的时候怎么出现程序框，一闪，然后就没有然后了