科学家完成迄今最大基因组测序

2014-4-02 07:40 来源: 中国科学报
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Largest Genome Ever Sequenced

火炬松的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多,是目前已完成测序的最大基因组

生长在美国佐治亚州奥古斯塔国家高尔夫俱乐部第17号洞附近的火炬松(Pinus taeda)曾挡住了美国前总统德怀特·戴维·艾森豪威尔的很多杆球。1956年,他曾试图砍掉这棵树。如今,火炬松正在书写一段与众不同的历史:火炬松的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多,是目前已完成测序的最大基因组。

  火炬松原产于美国东南部,是美国南方松中重要的速生针叶用材树种。在基因测序工作伊始,火炬松就被确定为研究对象。然而,火炬松基因组的庞大规模给传统的全基因组“鸟枪法”测序(只能对短的基因组片段进行测序)出了一道难题。

新研究中,研究人员改进了原有的“鸟枪法”——利用基因克隆方法对单独的DNA片段进行预处理,因而能够更容易地拼装出一个完整的基因组。该团队发现,82%的火炬松基因组由重复的基因片段组成——而人类基因组中重复的基因片段只占25%。研究人员将该结果发表于近日的《基因组生物学》和《遗传学》杂志上。研究人员还确定了能解释火炬松重要特性(例如抗病性、木材形成、应激反应)的基因