蒋太交小组在全球蛋白质结构预测比赛中获佳绩

2010-12-12 10:43 来源: 科技日报
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  2010年第九届全球蛋白结构预测比赛结果最近揭晓,中科院生物物理研究所研究组发展的Jiang_Assembly蛋白质结构预测服务器进入了前20名,代表着我国在蛋白质三维结构预测领域中进入了世界上游水平。

  记者从中科院了解到,蛋白质三维结构预测是计算生物学领域中最具挑战性的一个研究方向,迄今为止还有很多问题悬而未决。为了客观和有效地评估蛋白质结构预测技术发展水平,1994年美国科学家约翰·莫尔特倡议在全球范围内进行蛋白结构预测比赛。该项比赛每两年举行一次,已成为计算生物学领域中最权威和盛名的比赛,吸引了许多来自生物物理学、计算机科学、高能物理学、计算化学和计算数学等不同领域的专家参加。

  第九届全球蛋白结构预测比赛一共预测129个通过X射线或者核磁共振实验测定的、但结构未公布的蛋白质结构。全球共有176个研究小组和近80个蛋白质预测服务器参加三维结构预测比赛。来自中科院生物物理所蒋太交研究组发展的Jiang_Assembly蛋白质结构预测服务器获得了19名的好成绩,该平台2008年首次参加比赛时就曾经进入了前50名。蒋太交研究组从2005年起,在中科院“百人计划”的支持下开始该领域研究工作,在打分方程、主链预测流程与侧链模拟等蛋白质结构预测的重要环节上发展了原创性的算法,发展了一套蛋白质三维结构预测的新方法。这个结构预测比赛的成绩已非常接近国际著名的计算结构生物学实验室水平,表明我国在蛋白三维结构预测领域已经接近世界领先水平。

  据了解,蛋白质结构预测是一个巨大的系统工程,在预测流程上,既需要发展有效的打分函数,又需要发展有效的算法;在结构层次上,既需要模拟蛋白质的主链结构,又需要模拟蛋白质的侧链结构。因此,蛋白质预测是一个极度注重积累和传承的研究领域。在结构预测比赛中取得较好成绩的研究小组都是积累多年,花费了大量的人力物力。