查看完整版本请点击这里:
【求助】引物合成引物有两个Tm值,如何确定PCR的退火温度?
新手最近PCR。引物是参考BLOOD合成,引物合成有两个Tm值,如64.07度(0.05M Na+);73.08度(1M Na+),如何据此确定退火温度?另外,我的上游引物GC含量达71%(因为觉得BLOOD是权威杂志,之前未认真计算),不知有没有PCR成功的可能性?出了神马问题?敬请高手指点。(5个基因光退火温度摸了快两个月,还没结果,着急啊)【求助】引物合成引物有两个Tm值,如何确定PCR的退火温度?
有木有,有木有!
查看完整版本请点击这里:
【求助】引物合成引物有两个Tm值,如何确定PCR的退火温度?
【求助】引物合成引物有两个Tm值,如何确定PCR的退火温度?
最新回复
biabiade (2015-7-03 10:52:30)
sense, CCACCAGGCACTCGGGGCCTA;antisense, GGAGTAATAAGGAGGCTGGCG;
sense, AAAATGCCAGCTGATATAATGGAG; antisense, GGTCTGTGCTCAGCGCAGCCGTCA;
Sense:5’-CGCGGATCCGTGACCTGTGATGACTACTAC-3’.Antisense:5’-CCGGAATTCACATTCGGGGCCCATCC-3’
Sense:5’-CCGCCTTTGTGCTTCTGTT-3’.Antisense:5’-CCGGAATTCACATTCGGGGCCCATCC-3’
Sense:5’-AATGGTGGCATCTGTGTTGA-3’.Antisense:5’-GCGATACCCGTTGATCTCAT-3’
高手帮我看一下,我前面三对引物分别用60、62、63度摸过,后两对用55、56、57度摸过,P的不理想,二聚体多,请各位大侠帮帮我,我P不出来,需要重新合成引物吗?期待中。
vcve (2015-7-03 10:52:48)
二聚体多的话 可以调下引物及模板浓度试试呢
ldh (2015-7-03 10:53:06)
以第一对引物为例:
主要的问题是上游引物有稳定的loop,需要提高退火温度,引物只有打开二级结构后才能有效与模板结合。但是提高退火温度也会降低引物与模板结合的效率,这样就需要同时增加引物的量。
摸索退火温度是要参考Tm,不确定各个公司引物合成单上的计算方法,你说的两种Tm是不同盐离子浓度条件下计算的:0.05M Na是指一般PCR体系中的盐离子浓度,因为大多数Taq PCR体系含50mM KCl。
用oligo分析会给出3种Tm,大多数情况下可以参考Td,这个方法考虑了3末端碱基。
因此,建议在65-72度范围内做梯度,引物浓度各0.4uM
[ 本帖最后由 ldh 于 2015-7-3 10:55 编辑 ]
53962079.jpg
gmjghh (2015-7-03 10:55:32)
这么高的退火温度,就不需要延伸步骤了,退火时间按照1kb/min计算。
biabiade (2015-7-03 10:55:50)
菜鸟 期待中。
cj_mondy (2015-7-03 10:56:07)
biabiade (2015-7-03 10:58:30)
希望我能很快摸出其他4对基因的条件。
whitesheep (2015-7-03 10:58:49)
希望我能很快摸出其他4对基因的条件。
【求助】引物合成引物有两个Tm值,如何确定PCR的退火温度?