分析染色质构象的技术不少,但有的需要大量细胞,有的则分辨率太低。这阻碍了我们对于单细胞中染色质构象的了解。近日,瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员在《Biotechniques》上介绍了一种新方法,能够高分辨率地分析单细胞中染色质的接近程度。

  对于理解基因调控、DNA复制和修复来说,研究染色体的结构性质和空间组织尤为重要。染色质构象捕获(3C)技术在近年来被广泛使用,并衍生出更多技术,如4C、5C和Hi-C。3C技术利用甲醛来交联染色质,在酶切消化后原位连接,并以高通量的方式来评估染色质纤维的接近程度。这种方法分辨率高,但需要大量细胞。相反,DNA
FISH可实现单细胞的研究,但3-D分辨率较低。

  在这篇文章中,研究人员介绍了一种新方法,名为ChrISP(chromatin in situ
proximity)。它不仅能够以高于显微镜的分辨率探索染色质纤维的接近程度,还能对细胞群体中这一特征的频率进行分析。这种新方法利用原位邻位连接分析(ISPLA)的特点,但不需要滚环扩增(RCA)。因此,它克服了细胞核亚结构所带来的空间位阻,提供了连续的信号。