Nature Methods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器
非编码RNA（ncRNA）是指不编码蛋白质的RNA。从上世纪六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不断给人们制造惊喜。科学家们也逐渐意识到ncRNA并不是垃圾，而是许多基础生命过程的核心，有着广泛的生物学功能。
为了更好的研究ncRNA功能，哈佛大学的科学家们以CRISPR为基础打造出了一个定向的RNA定位法，可以将大片段RNA带到特定的DNA位点。这项研究发表在六月一日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是RNA领域的著名青年科学家John Rinn博士，他曾被评为2009年美国国内撼动科学界的青年英才。
人们普遍认为，真核生物的许多ncRNA参与了细胞核内的调控过程。不过，对这些ncRNA进行活体分析一直受到技术上的限制。举例来说，敲入和敲除策略在通量上达不到高分辨率结构-功能分析的要求，而且难以分辨RNA转录本的单独作用。重新安排ncRNA转录本的位置对功能分析是很有帮助的，在合成生物学中也很实用。
CRISPR-Cas9是细菌在漫长的进化史中演化出的重要防御机制。这个监控体系能够根据引导RNA的指示，靶标并降解入侵者的遗传物质。现在，CRISPR-Cas9已经成为了炙手可热的研究工具，帮助世界各地的研究者们解决各种实际问题。
Rinn博士领导研究团队基于CRISPR-Cas9系统建立了CRISPR-Display（CRISP-Disp）技术。该技术利用失去催化活性的dCas9，将整合在sgRNA中的大片段RNA带到特定DNA位点，是研究RNA的一个强大工具。举例来说，人们可以通过CRISP-Disp把功能性RNA和核糖核蛋白（RNP）复合体定位到特定的基因组位点。
研究显示，引导RNA上的不同位置可以插入4.8 kb以上的功能性RNA结构域。人们可以在此基础上构建带有蛋白结合盒（protein-binding cassettes）、人造适体（aptamers）、随机序列池和天然长非编码RNA的Cas9复合体。
研究人员指出，在使用适当的表达系统和插入点时，CRISP-Disp对RNA的片段大小和序列组成似乎并没有限制。值得注意的是，CRISP-Disp可以实现不同靶点和不同功能的多重化，只要你找得到可用的RNA模体。
