据《自然》杂志在线新闻报道，在经历了2011年第三季度市场销售下滑后，许多测序仪制造商开始裁员和削减成本，同时寄希望于医学诊断需求的扩大能有助于市场的繁荣。

　　迄今为止，DNA测序仪制造商或测序服务在美国的主要用户是受政府资助的研究人员，特别是获国立卫生研究院（NIH）资助的研究人员。然而，尽管NIH在2011年的预算只比2010年少1%，分析家们预测政府在2012年和2013年的预算还会有更大幅削减，对测序仪市场产生冲击。

　　由于担心政府资金减少，研究机构将更谨慎地开销。日前由在线出版物基因组网和东京投资银行瑞穗证券发布的报告指出，在接受调查的94位基因组科学家中，58%的人表示他们因经费紧缩而推迟购买仪器；42%的人表示在未来1年里不会购买新DNA测序仪。

　　市场已经受到影响。今年10月底公布的仪器公司新一轮财务报告令人忧心，比如，位于加州圣地亚哥的荧光公司（ Illumina ）拥有测序市场最大的份额，公司在2011年第三季度的利润比2010年同期下降了43%，公司将原因归于高昂成本和超过预期的糟糕销售情况，计划裁员200人，约占公司全球员工数的8%。