【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

最新回复

• jujuba (2014-7-29 16:43:37)

  
  我的目的基因片段连到载体上后 为什么测序时目的基因片段出现碱基丢失啊 最多的一个少了有10几个碱基 我的cdna模板应该没问题的，请教这是什么原因？要从哪些方面考虑 谢谢啊
  

• tuuu2 (2014-7-29 16:44:31)

  
  一般丢失掉是在那一段
  你的载体序列是否完整，还有你插入了多大片断？
  

• fsdd817 (2014-7-29 16:44:53)

  
  我送了三个重组质粒测序，有一个是目的基因的中段丢失了10几个碱基，另外两个是在目的基因的两端出现碱基丢失，不过只是丢失一两个碱基。我插入的片段有900多bp，我用的是pcDNA3.1载体，怎么判断载体序列是否完整啊？

• yueban-1147 (2014-7-29 16:52:34)

  
  1、载体的完整性就是你直接去处载体序列，2端都会有的
  2、中间那个地方的得改变你看一下测序质量，如果好就只那样
  3、2端的有可能实测序的问题
  最好在测序验证

• ROSE李 (2014-7-29 16:53:03)

  请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查

• dog002 (2014-7-29 16:58:18)

  我把质粒给公司重新测了一下 结果还是和之前一样 看来只能重新做了。。。唉
  

• huifeng0516 (2014-7-29 16:58:47)

  请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
  
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  好久没做了一起那是用的dnastar上的酶切

• wmp1234 (2014-7-29 16:59:41)

  
  各位大侠：问一下 测序可以测出550-600bp 没问题吧，两端多少bp测不出啊，如果我想看的点在末端54bp，可以测出来吗，

• baidukk (2014-7-29 17:00:05)

  
  前面100后面50基本上是低质量区
  做基因组还勉强可以用，找snp肯定不行

• yueban-1147 (2014-7-29 17:00:45)

  请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
  请教，怎么寻找SNP位点，需要做那些工作呢？
  

• sunbent (2014-7-29 17:01:12)

  QUOTE:

  原帖由 yueban-1147 于 2014-7-29 17:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')
  请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
  请教，怎么寻找SNP位点，需要做那些工作呢？
  

  
  你可以参考此贴：
  cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&amp');id=11164794&sty=3&keywords=watcut+%C3%B8%C7%D0

• birdfish (2014-7-29 17:01:40)

  请教，怎么寻找SNP位点，需要做那些工作呢？
  

• mysmdbl (2014-7-29 17:03:02)

  
  你是要根据基因还是根据疾病？

• toy (2014-7-29 17:12:41)

  
  你好，我的目的片段分别为129bp和170bp，我是做RFLP验证SNP位点。我直接拿pcr产物测序时说片段太小，测不出来，有什么方法可以检测出片段呢？

• duoduo (2014-7-29 17:14:45)

  根据snp为点直接作pcr建议长度在
  400-500bp

• qqq111 (2014-7-29 17:15:05)

  1、在文献中看到，对同一个基因，不同的人会用不同的微卫星标记（STR），一个候选基因的STR会有多少，按要做连锁来说，选择的STR越接近候选基因越好。请问我怎样才能选到候选基因附近的STR做连锁呢？一个候选基因一般选几个候选基因好。
  2、按您的做法，我在UCSC中查找RHO基因，跳出的界面（cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr3:130730172-130736877&amp');hgsid=114279453&knownGene=pack&hgFind.matches=uc003emt.1,）有很多的rs号，可没看到STR号。
  3、本人也在NCBI MapViewer上点击相应的染色体号（如3号染色体），跳出的图中并没有Marker，而在此（NCBI MapViewer）检索界面输进 D3S3606时就有Marker号，但有很多文献报道都没有的，要直接输进文献中STR号找才行。命名也很多不同（如SHGC-148920，WIAF-2146），文献中多用D?S?形式。
  4、所以,还是再次请问：应该如何去找到某一基因（如RHO，3q22.1 ）附近的STR呢，本人新手正想做连锁分析，还望各位前辈包容这就话题～希望各位前辈赐教，不胜感激，热切期待中～

• utt0989 (2014-7-29 17:18:26)

  1、str不是在snp数据库，一般都在dcode数据库或sts数据库，你要选sts
  2、你那个区域选择只有6k，太小了，一般str间距都比较大，你改成100k-1m看看吧
  
  我建议你好好研究一下不同物理和遗传图谱的作用，有很大好处
  cuturl('http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks')
  这个是修改过的
  附件是以前我作夜盲时找的

• idea2011 (2014-7-29 17:19:00)

  根据snp为点直接作pcr建议长度在
  400-500bp
  
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  我根据一篇文献选取的，RFLP已经做完发现测序验证有困难，现在还有补救的方法么？重新选扩增片段意味着全部重做，工作量太大了

• any333 (2014-7-29 17:19:27)

  你的片断多大
  可以在pcr引物内侧1-20bp
  在设计一个测序引物，pcr产物回收时
  注意丢失的情况，应该可以有改善

• sunbent (2014-7-29 17:20:05)

  请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
  请教，怎么寻找SNP位点，需要做那些工作呢？
  
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  你可以试试SNPBrowser这个软件。另外，为什么还要用RFLP这么古老的方法呀。你可以考虑试试其他方法，比如飞行时间之谱（MALDI-TOF），snplex等等。不过用什么方法还是主要取决于你的试验目的。