【求助】双向电泳后质谱相关问题

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• ritou1985 (2014-4-21 15:58:45)

  
  一般来说，考染能看到的点，质谱鉴定的成功率较高，但也不一定，还取决于其它因素，如蛋白分子量，高分子量的蛋白可能产生的酶切片断较多，鉴定到的机会大，另外蛋白中易于被酶切和质谱鉴定的肽段多少也有关系。
  如果是考染和银染选择，我会选择考染。因为银染还要脱盐，盐离子过高会影响鉴定，而且考染的上样量可以较高。
  另外，如果你的点与周围的点分离的较好，可以加大上样量，或者多张胶上同点合并酶切。
  建议用串联质谱，这样的数据比PMF更可信，可以用AB公司的4800 MALDI-TOF-TOF。

• sr9971 (2014-4-21 15:59:32)

  谢谢你的建议哦，串联质谱太贵了，先做个初步的吧。那我就选择考染的吧。

• 莲花白 (2014-4-21 15:59:55)

  
  如果你是比较蛋白质组学研究,建议考染后做质谱,银染后做图.

• ending (2014-4-21 16:00:15)

  请问你在哪个城市？在你那打质谱的话一个点大概要多少钱呢？

• nut6694 (2014-4-21 16:00:33)

  
  我认为考染和银染点做质谱各有优缺点。一般来说，大家都认可考染鉴定的机率要高一些，可以说是只要在考染图上内眼看得到的点，理论上都是可以用质谱做出结果的，当然结果到底如何，主要还要看酶解得好不好了，还和蛋白的理化性质有关。但是考染所需的上样量比银染几乎大了10倍，这样一来，考染时一些分子量和等电点极相近的蛋白点会分不开，而成为一个混合蛋白点，鉴定出的结果不一定可靠。而银染上样量很小，可以将挨得很近的点很好的分开，挖的点更纯些，鉴定的结果可能会更可信些。我就用考染和银染做了比较，发现用考染时是一个点，但用银染时其实变成了两个挨得很近的点，而刚好这个“多”出来的点是对照组所没有的点，质谱鉴定出来后结果很好，刚好是一个功能很重要的差异点！所以很庆幸用了银染并分离到了这个点。另外，我用100微克上样量挖的点都是很小的点，质谱结果还不错，不比考染差。
  以上仅为个人看法，仅供参考。

• docsy (2014-4-21 16:01:35)

  
  可是据说银染会影响后续的分析是么？呵呵，本人是新手，请指教：）

• wood533 (2014-4-21 16:03:59)

  
  银染中用的醛类会对蛋白修饰,质谱出来结果不可靠,只有做串联才能比较确定蛋白,光做个MALDI等于是废的.
  一般先做银染找差异,因为它的分辨率高;现在也可用HS-CCB染,灵敏度也可以的

• sr9971 (2014-4-21 16:04:24)

  做电喷雾离子阱质谱LC-MS-MS成功率高吗?
  与串联质谱相比有什么优缺点呢?