人类肝脏与小鼠肝脏更接近，还是与人类心脏？
西班牙基因组调控中心的Alessandra Breschi通过鉴定多个物种各个器官的RNA-Seq图谱，发现一些基因的表达是随物种而变化，而另一些是随器官类型而变化。她表示，那些随物种而变化的基因更可能是看家基因。
在近日召开的2015冷泉港基因组生物学会议（The Biology Of Genomes）上，Breschi做了题为“Constraints in gene expression across tissues and species”的报告，展示了这一成果。她指出，小鼠及其他生物通常作为模式生物，但是并不清楚各个物种或各个器官之间的转录图谱是否保守。
“人类肝脏是与小鼠肝脏更接近，还是与人类心脏？”Breschi问道。
为了探究这一点，她们聚焦了7个物种的6个器官，包括6,000个蛋白质编码基因，有着一对一的同源基因。通过研究物种和器官的转录组变化，Breschi及其同事发现，大约四分之一的基因随器官变化大，随物种变化小；而另外四分之一则相反。
Breschi指出，那些表达水平随器官而变化的基因驱动了进化限制，而随物种而变化的基因则与组织定义相关。她还指出，那些在各个物种之间变化相对较大，而在器官之间变化较小的基因则可能是看家基因。
此外，Breschi及其同事发现，对于表达水平随物种而变化的基因，其特点是外显子水平和转录起始位点的序列保守性较低。同时，这些基因的转录起始位点上有着更多的CpG岛。她们发现，在小鼠肝脏中，随物种变化大的基因有着较高水平的启动子甲基化，同时，这种影响似乎保留在各个器官类型中，包括小脑、心脏、肾脏和睾丸。
Breschi还指出，那些在各个器官之间变化相对较大，而在物种之间变化较小的基因则集中在与疾病和癌症类型相关联的基因。
研究人员认为，了解某个特定基因或一组基因的表达是在物种中保守，还是在器官中保守，这将有助于以模式生物为基础的研究。
“解析基因表达的变化是很有必要的，能够鉴定出那些随组织而变化，但不随物种而变化的基因，这时小鼠就能作为很好的研究模型，”报告摘要中指出。
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项目成果
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