四川农大BMC发表lncRNA新成果
在过去的几年里，长非编码RNAs（lncRNAs）已经得以广泛研究。有研究已在小鼠、大鼠和人类中鉴定了大量的lncRNAs，其中一些已被证明在肌肉发育和生成过程中起着重要的作用。然而，对于覆盖家畜骨骼肌所有发育阶段的lncRNAs的特性，报道还较少。
8月22日，四川农业大学动物科技学院的研究人员在《BMC Genomics》发表题为“Genome-wide identification and characterization of long non-coding RNAs in developmental skeletal muscle of fetal goat”的研究成果。这项研究提供了一份山羊肌肉相关lncRNA的目录，将有助于我们更全面地了解哺乳动物肌肉发育的根本分子机制。四川农业大学动物科技学院的张红平教授和李利教授，是本文共同通讯作者。
全基因组转录研究表明，真核基因组的大型区域被转录为一个异质化的非编码RNAs（ncRNAs）群。一般来说，小于200个核苷酸的ncRNA通 常被描述为小RNA，例如，microRNA（miRNA）、Piwi互动RNAs（piRNAs）、小干扰RNAs（siRNAs），和经典的 ncRNA，如核糖体RNAs（rRNA）、转移RNAs（tRNA）和小nucleolar RNAs（snoRNAs）；大于200个核苷酸的ncRNA被描述为长非编码RNA（lncRNA）。在过去的几年中，越来越多的lncRNAs在哺乳 动物中已被发现，包括智人、小鼠、牛、猪和绵羊。并据此推出，lncRNA在生物过程（如转录调控）、表观遗传修饰、发育、细胞分化以及一些疾病中，发挥 关键的作用。
作为全球重要的经济动物，家养山羊（Capra hircus）主要用于肉食的生产。因此，揭示骨骼肌形成和发育的分子机制，是至关重要的。肌肉的发育是一个复杂的过程，需要多因素的协同表达和相互作 用。最近的一些研究表明，lncRNA在成肌分化和肌肉生成过程中起着至关重要的作用。然而，目前探索哺乳动物骨骼肌生长发育分子机制的大多数策略是，通 过高通量测序技术检测编码基因的表达和功能，如MRF（生肌调节因子）、MEF2（肌细胞增强因子-2）家族和配对盒蛋白，这些策略也应用于山羊 miRNA和mRNA表达谱的分析。因此，关于骨骼肌发育相关lncRNAs的信息，仍然是有限的，特别是山羊中。
在这项研究中，研究人员使用Illumina HiSeq 2500平台，系统地鉴定和表征了山羊胚胎和产后山羊骨骼肌中的lncRNAs。总共确定了3981个lncRNA转录本，其中577个在不同发育阶段的 骨骼肌RNA文库之间的成对比较中，是显著差异表达的。据我们所知，目前还没有对山羊肌肉lncRNA及其生物学功能的相关报道。因此，这些研究结果将为 我们更好的理解山羊lncRNAs的调控功能以及注释山羊基因组，提供了一种有用的资源，也有助于更好地理解哺乳动物的骨骼肌发育。
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项目成果
