一个样本两种结果 微生物组分析靠谱吗？
微生物组的研究正在如火如荼地进行中。微生物组与各种各样的疾病状态相关联，甚至被分为各种类型（enterotype）。然而，哈佛医学院的一名博士后Tami Lieberman最近在博客中质疑了微生物组分型的想法。她怀疑偶然一次的微生物组分析究竟能获得什么。
Lieberman在攻读博士阶段研究的是细菌在感染过程中如何进化。她想更好地了解它们如何获得抗生素耐药性，以及它们在人体内生存时还需要适应什么。一想到人体内有这种看不见的进化过程，她觉得很有意思。几年前，她在23andme分析了基因组，而这一次，她打算了解微生物组。
于是，Lieberman购买了两个试剂盒，一个是来自American Gut，另一个是来自uBiome。她利用它们来收集肠道微生物组的样本，想看看两个供应商的结果有何不同，以及单个粪便样本有何差异。她利用拭子采集了同一个粪便样本，并寄给两家公司（Sample 1）；同时她又采集了这个样本的另一部分，将第二个拭子也寄给American Gut（Sample 2）。
Lieberman提到，American Gut和uBiome在Sample 1上的结果基本一致。对于American Gut发现的频率超过5%的所有细菌，uBiome也能发现，且频率相似。不过，两家供应商是以不同的方式呈现数据。American Gut只将她与平均值进行比较，而没有提供正常范围。而且，她的值看上去比同性别或同年龄的群体低，显得有些异类。相比之下，uBiome提供了更具信息量的表格，显示她的结果是在正常变化的范围内。
真正让她吃惊的是Sample 1和Sample 2的比较，它们其实来自同一样本，只是不同区域。然而，两个样本的结果却有很大差异。例如，Sample 1中的厚壁菌（Firmicutes）有64%，而Sample 2中有76%。厚壁菌被认为与肥胖相关。Lieberman认为，这是否意味着她应改变微生物组，降低厚壁菌的数量，以便减肥？不过，她似乎怀疑这些结果是否有意义。
两个样本间差异明显的还有普氏菌（Prevotella），0%相对12%。最近一些研究认为普氏菌是微生物组类型的决定因素，并将它与类风湿关节炎和心脏病预测相关联。此外，乳酸菌也存在差异。
对此，Lieberman谈道：“我在最近的微生物会议上与一些专家讨论，他们对这种粪便内的变异并不感到惊讶。他们告诉我，显然不能从单个样本中了解很多。毕竟，我们的微生物组取决于我们吃了什么，而早餐和晚餐吃得都不一样。”
Lieberman认为，一个人本身以及人与人之间有着太大的差异，从单个样本无法得出有意义的结论。
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