高效液相色谱填料的选择
HPLC填料可以是陶瓷性质的无机物基质，也可以是有机聚合物基质。陶瓷性质的无机物基质主要是硅胶和氧化铝。陶瓷性质的无机物基质刚性大，在溶剂中不容易膨胀。HPLC级的有机聚合物是基于交联的苯乙烯-二乙烯苯或者甲基丙烯酸酯。有机聚合物基质刚性小，更易压缩。溶剂或溶质容易渗入有机质基质中，导致填料颗粒膨胀，结果减少传质，最终是的柱效低。
硅胶
硅胶是HPLC填料最普遍的基质。除了具有无机物基质共有的高强度，还提供了一个表面，可以通过成熟的硅烷化技术键合范围很广的配基，制成反相、离子交换、疏水作用、亲水作用或分子排阻色谱。硅胶基质填料适用广泛的溶剂，从极性到非极性。它的弱点是在水溶性碱性流动相中不稳定。通常，硅胶基质的填料推荐的常规分析pH范围为2-8。
聚合物填料
高交联度的苯乙烯-二乙烯苯或者甲基丙烯酸酯基质的填料是用于普通压力下的HPLC。当然，它们的压力限度比大多数的无机填料的压力限度低。苯乙烯-二乙烯苯基质疏水性强。使用任何流动相，在整个pH范围内稳定。因为能承受强酸强碱性的洗脱液，所以可以用NaOH或强碱来清洗色谱柱。甲基丙烯酸酯基质本质上比苯乙烯-二乙烯苯疏水性更强，但它可以通过适当的功能基修饰变成亲水性的。这种基质不如苯乙烯-二乙烯苯那样耐酸碱，但也可以承受在pH13下反复冲洗。所有的聚合物基质在流动相发生变化时都会出现膨胀或收缩。用于HPLC的高交联度聚合物填料，其膨胀和收缩要有限制。因为溶剂或小分子渗入聚合物基质中，小分子在聚合物基质中的传质比在陶瓷性基质中慢，所以造成小分子在这种基质中柱效低。对于大分子像蛋白质或合成的高聚物，聚合物基质的效能比得上陶瓷性质的基质。因此，聚合物基质广泛用于分离自然的或合成的高聚物。
氧化铝
氧化铝由于硅胶相同的良好物理性质，而且也能耐较大的pH范围。它也是刚性的，不会在溶剂中收缩或膨胀。但与硅胶不同的是，氧化铝的键合相在水相的流动相中不稳定。不过，已经出现了在水相中稳定的氧化铝键合相，并显示出优秀的pH稳定性。
选择正确的基质
硅胶基质的填料被用于大部分的HPLC分析，尤其是小分子量的被分析物，聚合物填料用于大分子量的被分析物质，主要用来制成分子排阻和离子交换柱。
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