大西洋鲑鱼(Salmo
salar)是一种具有较高经济、环境和科学价值的鱼类。在世界范围内，大西洋鲑鱼的产量每年约为140万吨。大西洋鲑鱼也被认为是研究鲑科其它鱼类成员的一个模式种，同样它也是正在进行的基因组测序和组装项目的目标。其基因组序列，对于理解鲑鱼复杂性状的遗传调节非常重要，可用于改良水产业育种计划、居群和进化遗传学研究等。然而，不同于主要的陆生养殖物种，在大西洋鲑鱼中，目前从全基因组多态性变异中还未筛选出可用的高通量高密度基因分型芯片。现有的低密度SNP(单核苷酸多态性)微阵列包含大约6K的多态性SNPs。

　　通过选择性育种程序对大西洋鲑鱼进行遗传改良，最早在挪威开始于20
世纪90年代，尽管存在3到4年的世代间隔，但仍然快速改良了鲑鱼重要的经济性状，例如生长、性成熟和抗病性。已有研究人员开发出微卫星和SNP标记，并将其用于育种计划，分配父母本和检测数量性状(QTL)，为随后进行的标记辅助选择提供有利的等位基因，尤其是提高抗病性。因为SNPs丰富度高、易于发现和每个位点的基因分型成本低，所以它越来越被用作遗传学研究中的一种分子标记，尤其是SNP芯片，可在每个样品中同时分析成千上万个SNPs。