复旦大学 杨芃原教授

  来自复旦大学的杨芃原教授做了题为“糖蛋白结构的高通量质谱分析”的报告。杨教授介绍,由于理论的数据库大小是天文数字,使糖蛋白的结构分析成为目前糖蛋白分析瓶颈。杨教授在报告中介绍了用MALDI进行糖蛋白de-novo解谱,进而用ESI搜索糖蛋白数据库的糖蛋白结构鉴定方法。重点介绍了数据库是如何建立的。

  杨教授课题组的解决思路是,增加如多级质谱等各谱图阶段的信息(但由于质谱的速度和检出限,高通量使用尚有问题),减少检索时所需的已知信息,创建高可信度的糖肽数据库,并撰写新的检索软件。具体方案为:1)建立完备、精简的包含糖位点的肽库及糖链库,通过实验获得肽库,根据文献获得糖链最大组成的糖链库,穷举它们的结构后,再人工排除不合理结构,获得针对特定样品的糖链库。2)构建针对特定样品的糖结构库。3)筛选出谱图中可能的糖碎裂峰。4)对碎裂峰进行匹配,获得糖肽组成,使用上一步骤获得峰连续碎裂网络,对网络中的多个路径进行批量分析,再根据解的重复性判断可靠性。杨教授还通过实例向大家讲解了具体的糖蛋白结构确定过程。