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【讨论帖】秀出你收藏的经典天然药化文献吧！
每天都会上分析测试百科瞅瞅，貌似已经成为一种习惯了，但是最近天然药化版块好像被“微谱求助”占领了（我并不反感“微谱求助”，自己也求助过，但是总觉得求助结果好像仅仅对求助者有参考价值，所以在想版主大人能不能为它辟出一个独立的位置！扯远了！），所以突发奇想，想跟各位同仁交流一下各位收藏的天然药化方面的经典文献！当然，我称之为“经典”的，并非是那些以化合物的新颖度或强大活性为亮点的文献（尽管现在很多搞天然药化的都是这个思路），而是那些能给我们的研究提供启示，或是能够提供新颖的研究思路的好文章！希望各位虫友们（特别是那些广读文献的虫友）能不吝拿出自己“压箱底”的文献，让我们在交流中进步（需要下载权限的文献麻烦大家上传个附件吧）。【讨论帖】秀出你收藏的经典天然药化文献吧！
既然是我发起的，那小弟我就先忐忑地发一篇抛砖引玉吧，希望各位虫友能跟上，不要让帖子沉了啊：
作者：Silvia N. López, I. Ayelen Ramallo, Manuel Gonzalez Sierra, Susana A. Zacchino, and Ricardo L. E. Furlan
文题：Chemically engineered extracts as an alternative source of bioactive natural product-like compounds （ACS里面可以直接下载，无需权限）
期刊名，期刊年份，卷(期)，起止页码：Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104(2): 441-444.
全文URL：cuturl('http://www.pnas.org/content/104/2/441.full.pdf+html')
文献亮点：本文提出了一个核心的思路—“Chemically engineered extracts”（我理解为“提取物的化学改造”）。研究者发现，在药物开发方面，天然产物相对于合成产物具有很多优势，而与此同时，现有药物及利用组合化学获取的分子也具有一些自身特点，如它们的结构中有更多含氮原子、硫原子、卤原子的官能团。于是研究者设想，如果能将这些官能团引入到天然产物中，会不会是对大自然制造天然产物的化学能力的一种补充和强化呢。于是研究者萌生了对某植物提取物中化合物进行“集体改造”的想法，从DNP中统计得知，天然产物中最常见的官能团为羰基，因而被作为引入特殊官能团的切入点，同时，他们选择了可与各种类型羰基发生反应的肼作为对提取物进行“改造”的“武器”，结果使原本不存在抗菌活性的提取物产生了抗菌活性。通过活性追踪的方法，研究者从“改造”后的提取物中分离得到了具有抗菌活性的化合物，并证实了该化合物为原提取物中化合物与肼反应所得产物。
评注：这种思路有点像童话里的王子找灰姑娘的办法—给每个姑娘都试穿水晶鞋，最后总有一个穿着合脚，那个就是灰姑娘。很多天然产物分子或许也是灰姑娘，但是需要穿上“水晶鞋”才能成为“公主”。此外，该文章研究者后面还开展了一些相关研究，并于2011年在“Accounts of Chemical Research”上发表了题为“Chemically Engineered Extracts: Source of Bioactive Compounds”的文章（类似综述）。我个人觉得，对于我们自身而言，或许可以依据自己研究的化合物的结构特点进行一些针对性的“改造”，以发现有价值的分子。
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最新回复
园丁## (2014-10-09 16:58:07)
至于海洋生物方面，真不了解，但每次看npr的目录，里面还是有不少相关内容的，而且NPR每年都有以Marine natural products的综述，概括过去一年海洋天然产物的进展，附件中附上去年发表的涵盖2012年进展的一篇！
uaubc (2014-10-09 16:58:56)
主要是X-ray“单晶”衍射技术的连用问题，目前大家都知道X-ray单晶衍射面临着一个巨大的瓶颈：需要获得可供衍射的单晶，而实际上许多分子很难结晶。The University of Tokyo和University of Jyvaskyla的研究人员对这一技术进行了“升级”，使用networked porous metal complexes，让目标分子在crystalline sponges中有序排列，然后再通过X射线解析其结构。这一方法省却了麻烦的结晶步骤，而且样品可少至80纳克，将HPLC 与X-ray单晶衍射分析进行连用，更简便快捷，同时也提升了灵敏度。
并运用此技术对一些天然产物的绝对构型进行验证如miyakosyne A
之前看CNS上文章可能是因为专业知识有限的问题，总是感觉太深奥了也并不明白其中的工作难度到底有多大，看完这篇文章才知道Nature文章是怎么弄出来的
园丁## (2014-10-09 16:59:34)
gmjghh (2014-10-09 16:59:58)
gmjghh (2014-10-09 17:00:25)
Nature Medicine的新闻cuturl('http://www.nature.com/nm/journal/v19/n4/full/nm0413-390.html')
koook5695 (2014-10-09 17:00:38)
u76mp (2014-10-09 17:01:01)
微生物类天然产物的主要发展方向：基因组为导向的新型天然产物的发现（先有基因后有化合物，有别于活性为导向的分离纯化方法，但是毋庸置疑的是活性导向也很重要），新型酶反应机理的发现和验证，还有就是用合成生物学的方法产生有用的化合物包括中间体等等，其实更重要的是用人工设计特定的生物合成途径，然后微生物发酵的方法来生产一些有机合成出来的药物或者植物产生的药物（包括工业中间体等等），实现绿色生产，当然这些需要巨大的努力，当然有着很好的前景。
非常好的帖子！
october7 (2014-10-09 17:02:36)
韩国学者Dong-Chan Oh，目前供职于首尔大学药学院，曾在William Fenical， Jon Clardy等牛人门下做博士，博后。在美国发了不少CNS文章，回韩国后灌水JNP，OL。此人是我老板在美国学习时的邻居，据说对天然产物结构解析到痴迷地步。看他的文章，有种四两拨千斤的感觉，下面三篇是他对结构解析如何化繁为简的技术探索：长链烯烃双键的定位；C13同位素标记在C-C COSY中的运用； 阿尔法位羟基酸手性鉴定的简易方法。
1>< SimpleDeterminationofDouble-BondPositionsinLong-Chain>
2><Applicationof>
3><Faciledeterminationoftheabsoluteconfigurationsofhydroxyacidsbychiral>
wood533 (2014-10-09 17:03:11)
DART-MS技术，把样品不经过处理直接做质谱分析。目前已经用到农产品检验，假币鉴定，甚至刑事侦察，反恐技术上。这个技术也用到了天然产物领域，虽然检测的化合物特征性比较简单明显，说明它还是不完善。不过把菌丝体，植物组织直接做质谱分析，让人耳目一新；
同步辐射圆二色谱，号称“贵族”圆二色谱，能够把光谱探测延伸到深紫区140nm，能分析高能深紫区的电子跃迁，但需要同步辐射中心的技术支持，日本学者依托广岛同步辐射中心，用此技术测天然产物绝对构型，让人印象深刻。不过上海同步辐射中心的建立，让我们也有三代最强的光源，期待着我们中国天然产物的同行也能用此高大上的技术。
有一篇传不上来，网址为：
cuturl('http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1') ... p;searchHistoryKey=
bluelake (2014-10-09 17:03:52)
1 : AbsoluteConfigurationofLactamsand.pdf
2 : DeterminationofAbsoluteConfigurationofSecondaryAlcohols.pdf
3 : DeterminationofAbsoluteConfiguration.pdf
园丁## (2014-10-09 17:04:28)
（1）Lessons from natural molecules 【Nature. 2004 Dec;432(7019):829-37.】
（2）The evolving role of natural products in drug discovery 【Nat Rev Drug Discov. 2005 Mar;4(3):206-20.】
（3）Plant natural products: back to the future or into extinction? 【Phytochemistry. 2007 Jul;68(14):2015-22】
（4）Drug Discovery and Natural Products: End of an Era or an Endless Frontier? 【Science. 2009 Jul;325(5937):161-5.】
（5）Impact of natural products on developing new anti-cancer agents.【Chem Rev. 2009 Jul;109(7):3012-43.】
（6）Natural products and Pharma 2011: strategic changes spur new opportunities.【Nat Prod Rep. 2011 Oct;28(11):1783-9.】
（7）Natural Products As Sources of New Drugs over the 30 Years from 1981 to 2010 【J Nat Prod. 2012 Mar;75(3):311-35.】（包括前三个版本）
okhaha (2014-10-09 17:07:57)
园丁## (2014-10-09 17:08:34)
该帖72楼整理了一些综述，你若是刚刚接触植化，不妨挑上一两篇看看，对于你认识天然产物应当还是会有所帮助的！
至于你说的综述类型，在Natural Product Reports（文章几乎全部为天然产物综述，权威性高）、phytochemistry、Journal of Natural Products等杂志里面都会有很多！而对于一些研究较为深入的化合物类型，甚至会有发表于chemical reviews的综述（如Meliaceous Limonoids: Chemistry and Biological Activities；Plant cyclopeptides；Plant orthoesters等等）！但个人觉得，你目前只要阅读与自己所做的种相关的综述就差不多了，因而这里我就不具体推荐了！
当然，如果你希望能阅读更多文献，那么该帖里面虫友贡献的文献都是很不错的选择；此外，可以在平时追踪天然产物相关期刊发表的新研究（以及其他学科的新研究），建议采用“邮件订阅new issue目录”的方式，以NPR为例（如图），首先注册账号，然后点击“alert-subscribe”，在里面选择你希望接收邮件提醒的内容就可以了，完成后，当期刊有新的一期online，就会自动将目录发到你的邮箱！Phyto、JNP甚至Nature、Science都提供这项服务，你不妨自己摸索一下！有些数据库甚至会提供基于检索关键词的提醒，如sciencefinder，不妨也自己摸索一下！
以上意见仅供参考，希望对你有所帮助，祝你一切顺利！
xueyouzhang (2014-10-09 17:08:50)
october7 (2014-10-09 17:09:45)
1 : 来自被誉为可乐树中花蜜中分离得到的苯醌类天然色素
2 : 米团花腺毛中含有防御性二倍半萜物质
daod (2014-10-09 17:10:08)
1. The impact of bacterial genomics on natural product research. (2011-11-9 1:11:26)
Angewandte Chemie (International ed. in English); PubDate 2005Oct28;volume 44: issue 42
Bode Helge B HB,Müller Rolf R,
文献连接：cuturl('http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.200501080/pdf')
2. Natural Products Version 2.0: Connecting Genes to Molecules
Christopher T. Walsh *† and Michael A. Fischbach *‡
J. Am. Chem. Soc., 2010, 132 (8), pp 2469–2493 DOI: 10.1021/ja909118a
主要是讲天然产物发展的新阶段，尤其是在后基因组时代，如何利用微生物基因组序列，发现先化合物与生物合成基因相结合。
两位作者都是我的偶像。。。。。
文献连接 cuturl('http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja909118a')
园丁## (2014-10-09 17:10:56)
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的确，波谱还是值得去深入钻研的，尤其那次在解析自己的化合物的时候，最后发现通过核磁鉴定出的结构与单晶衍射出的结构丝毫不差的时候（尽管这种情况稀松平常），我不禁对这些波谱手段产生了深深的膜拜，呵，而且从很多文献可以看出，这些波谱手段的功能远不止是结构鉴定，所以如兄弟所言，的确值得不断学习！另外，谢谢兄台的祝福，“学业有成”心领了，“跻身大牛”实在是不敢奢望，当前还是专心当自己的小菜鸟吧，哈哈！
2541 (2014-10-09 17:11:40)
园丁## (2014-10-09 17:17:43)
再次谢谢兄弟上传的文献，我得好好学习学习这些东西了！
1 : Determination-of-Relative-Configuration-in-Organic-Compounds-by-NMR-Spectroscopy-and-Computational-Methods
2 : Assignment-of-absolute-configuration-using-chiral-reagents-and-NMR-spectroscopy
966735obeng (2014-10-09 17:19:03)
文题：Chemical Analyses of Wasp-Associated Streptomyces Bacteria Reveal a Prolific Potential for Natural Products Discovery
我老板强烈推荐的一篇文章。
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