【求助】如何用oligo6评价引物？

字体: 小中大 | 打印发表于: 2016-2-29 15:01 作者: mimili_901 来源: 分析测试百科网

评估引物对：
我们在各种文献中查到的引物，如果直接进行PCR，往往很难重复别人的实验结果。这时就想到，是不是引物的质量有问题？能不能用软件来对这些问题引物进行一些分析呢？答案时肯定的。
1，点击File菜单中的New命令；
2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
3，如果该引物的首位置不是1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如20；
4，点击Accept/Discard菜单的Accept命令；
5，如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度；
6，选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）；
7，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，在Edit Lower窗口中输入下游引物的序列；
8，在Edit窗口的上角处，输入相应的5’位置；
9，选取“Accept and Quit”命令；
如果想让程序给出最佳退火温度，在此时的对话框中输入PCR产物的长度以及GC含量所占百分比，一般哺乳动物的cDNA序列中GC大约占44％。
10，点击OK就可以在“Analyze”菜单中完成各种分析了。
我使用的oligo版本如下

查看完整版本请点击这里：
【求助】如何用oligo6评价引物？

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最新回复

mimili_901 (2016-2-29 15:01:49)

下面是我做的
1，点击File菜单中的New命令；
2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
3，如果该引物的首位置不是1的话，可以在“Edit”窗口中输入新的5’端位置数字，如20；
这个地方有疑问~~，该引物的首位置是指的什么？比如如果是tgacgcgttgactgac这个引物，首位置就是第一个碱基t么？

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mimili_901 (2016-2-29 15:02:25)

4，点击Accept/Discard菜单的Accept命令；
5，如果引物序列长度不同于当前的引物的话，可以从“Change”菜单中改变当前的引物长度；
第5步我没有change~~~
点击accept之后出现以下窗口

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mimili_901 (2016-2-29 15:02:45)

6，选取当前序列为上游引物（点击“upper”按钮）；upper就变红了

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mimili_901 (2016-2-29 15:03:02)

7，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令，从Edit菜单中选取“Lower Primer”命令

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mimili_901 (2016-2-29 15:03:22)

8，在Edit窗口的上角处，输入相应的5’位置。这步我做的不知道对不对

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mimili_901 (2016-2-29 15:13:12)

这步我是在这里输入的，按照5‘-3’的顺序，第一步输入上游引物我也按照5‘-3’的顺序输入的不知道对不对~~

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mimili_901 (2016-2-29 15:13:46)

到了这一步就出了问题了
9，选取“Accept and Quit”命令；
选择以后lower并没有变成红色~~
如图

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mimili_901 (2016-2-29 15:14:06)

而且也不是我输入进去的那序列了，而是变成跟upper互补的序列了~~~怎么输入下游引物阿~~~真是郁闷到家了~~，还请各位高手赐教~
这时候再点击edit lower premier又出现下面这样子的，还不是我输进去的那个下游引物

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mimili_901 (2016-2-29 15:14:25)

这到底怎么弄得阿~~~没有人教真可怜！太可怜了！
我的上游引物CTCCACCCGAGTTACCAATGAC下游引物CCCGCAGAACTTAGCCCTGTAT都是5‘-3’的顺序，555！
memory (2016-2-29 15:14:59)

下面是我做的
2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
这个需要输入你的基因序列,不是输入引物
mimili_901 (2016-2-29 15:15:22)

我岂不是犯了一个很大的错误~~~~我马上再做一遍~~~谢谢大侠！
mimili_901 (2016-2-29 15:15:42)

QUOTE:
原帖由 memory 于 2016-2-29 15:14 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

下面是我做的
2，在“Edit New Sequence”的窗口中用键盘输入上游引物；
这个需要输入你的基因序列,不是输入引物
不行啊，输入基因序列以后，按照以上步骤仍然是输入下游引物的时候出现了跟上面所讲的问题一样的现象，就是输了以后不是我输入的序列，555555，怎么回事啊？
大猫 (2016-2-29 15:15:59)

引物序列可以不用输入的,你选好引物长度后,upper,拖到最后lower
就分别是上游下游引物了
花想容 (2016-2-29 15:16:35)

QUOTE:
原帖由大猫于 2016-2-29 15:15 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '')

引物序列可以不用输入的,你选好引物长度后,upper,拖到最后lower
就分别是上游下游引物了
兄弟,问下是怎么拖啊??/谢谢啊！
知了知了 (2016-2-29 15:16:59)

点change，再点current oligo length 改引物长度再 upper ....llower
youyou99 (2016-2-29 15:17:18)

我用过PRIMER PREMIER 5,PRIMER PREMIER 6，OLIGO, PRIMER EXPRESS 3.0，最后还是觉得PP6比较好用，我现在用PP6设计的引物跑出来的效果都很好。