林木种质资源保存库之所以被称为“种子银行”，是因为它能对种子进行低温保存、超低温保存以及种质离体保存，设备可分类存放大量珍贵、珍稀物种资源，为广大科研部门以及育种单位提供了一个非常安全的种子储藏环境。
   正因如此，林木种质资源保存库在设计上必须严格按照标准进行建设，尤其是在安全性设计方面，需要从防地质灾害、防水、防火和防意外事故等方面来考虑。防地质灾害，重点放在防震上，其他如塌陷和滑坡等也应考虑。在防震上，根据中华人民共和国国家标准GB50223-95建筑抗震设防分类标准，种质资源库列为乙类建筑，即地震作用应按本地区抗震设防烈度计算。除在建筑设计上有防震设防外，聚胺酯保温冷库和种子架设计也应考虑防震措施，这是因为种子包装容器越来越多地采用铝箔袋，若出现倒塌现象易造成袋的破裂而混杂了种子。另外，还需考虑库体的防水性。如国外的一些林木种质资源保存库是设在建筑物的两层，高出地面三米左右，这是由于当地上游地区有一水库。若考虑防暴雨排水，则一般冷库的地板应高出地面一米左右。其他方面，如建库地址周围不能有燃料仓库及危险化学药品库。种质资源库建筑周围必须留有足够的空地，以便在发生意外时能够使消防队迅速到达。消防报警、监控及库内外的报警装置应重点考虑，尤其应考虑当人在冷库内出不来时应有报警装置。
   此外，林木种质资源保存库门框的密封还应采用特制的耐高低温的硅橡胶密封条，在门框处加装门框加热丝以防在低温情况下门框处凝露；门把手、饺链采用日本进口优质产品，可保证其强度，防止掉落；门框四周加强，即在门发泡前，在大门内侧焊接加强筋，可保证其强度，防止门的变形；为了避免库房内温度的变化而引起库房内外压力差对库房强度的影响，在每个库房侧壁处安装一套重力关闭型压力平衡装置。这些都是林木种质资源保存库的一些安全设计标准。