罗氏甲基化捕获试剂创新甲基化研究方法
自2004年美国批准Vidaza (azacitidine)可用于血液疾病( 如MDS)的治疗以来，通过改变致病基因的表观遗传学特征进行疾病治疗的方法，为人们带来了疾病的新治疗策略。然而，由于表观遗传检测方法的局限，要确定基因的碱基在何处以何种程度被甲基化一直以来困扰着研究者，从而难以确定基因表观遗传学的改变也局限了表观遗传治疗方法的发展。尤其，要确定样本的甲基化比例而不仅仅是甲基化发生的位置，方法非常有限，二代测序的全基因组重测序可以解决这一问题，解析基因组水平精确的甲基化图谱，但这种检测的花费高和时间长。
最近在Nature Medicine上的一篇综述1总结了近来表观遗传检测技术方面的进展，一些新的技术可能使得这些类检测价格降低、也更加高效，通过这些技术有可能使得研究者更好的了解疾病的机制、进行相关药物的研发。
其中之一是来自罗氏NimbleGen的SeqCap Epi方法，通过这个方法可以针对性地对基因组中某些区段的甲基化进行研究，而无需对全基因组进行重测序测序，从而大大降低了实验的测序费用。这一方法基于序列捕获的方法发展而来，在打断样本DNA、连接完二代测序接头后进行，重亚硫酸盐处理和PCR扩增，将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为胸腺嘧啶(T)，而甲基化的C将保持不变。而后进行再利用特殊设计的探针进行序列捕获，富集目标基因片段，最后在二代测序平台上进行定向测序。
在测序结果中，如果发现本应为胞嘧啶(C)的碱基转变为胸腺嘧啶(T)，表示其在样本未甲基化;而如果胞嘧啶(C)没有转化，原来样本中的胞嘧啶发生了甲基化修饰，从而可以判断样品中的甲基化位置以及甲基化水平。值得指出的是，NimbleGen设计探针时，对于一个区段的多种甲基化可能性进行了考虑，同一个位置设计多个探针来保证不同情况的甲基化都能被有效捕获。而且，NimbleGen SeqCap Epi将捕获DNA正反双链，以不发生甲基化的链的测序结果作为参考，来判断胞嘧啶(C)转变为胸腺嘧啶是基因组发生的突变还是由于未甲基化的胞嘧啶经重亚硫酸盐处理的结果。这些设计都需要大量探针，才能保证捕获效果，充分体现了NimbleGen高密度探针设计生产的能力。
NimbleGen即将上市的SeqCap Epi产品，包括对全基因组CpG岛检测的目录产品，该产品包括了目前常用 一款450K甲基化芯片的所有位点，通过1/4 HiSeq Lane 测序可给出全基因组水平的5多百万个CpG岛直接的序列信息，进行甲基化的多样性数据。此外，还有一系列可由客户自由选择目标区域的，定制性甲基化序列捕获探针，自选目标区域从10Kb-210Mb区域。预计这些产品将于第一季度在中国上市，希望可以补充、满足更多甲基化相关研究者的实验需求，提供更多的实验设计方案。
1. Revved-up epigenetic sequencing may foster new diagnostics.Duhaime-Ross A.Nat Med. 2014 Jan 7;20(1):2. doi: 10.1038/nm0114-2.
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