RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。
这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的主要突变，但当时他们还不清楚这些突变的功能。
白血病是一种造血系统的恶性肿瘤，俗称“血癌”，是最常见的恶性肿瘤之一。白血病按细胞分化程度可分为急性和慢性两大类。根据受累的细胞类型，又可以分为粒细胞、单核细胞、淋巴细胞白血病等。其中慢性粒细胞性白血病(CML)占13%，急性粒细胞性白血病(AML)占28%，慢性淋巴细胞白血病(CLL)占30%，急性淋巴细胞白血病(ALL)占13%，其他不典型的占17%。
慢性淋巴细胞白血病CLL起病缓慢，在这种疾病中一些免疫功能不全的淋巴细胞发生了恶性的增生。CLL在欧美白种人中比较常见，患者的发病年龄大多在50岁以上，30岁以下的患者很少见。这种疾病的主要表现是全身淋巴结肿大，脾大，贫血及外周血中淋巴细胞异常增多。
CLL的临床和生物学表现差异很大。全基因组测序或全外显子组测序可以为人们揭示CLL中的主要突变，而RNA测序能为人们展示CLL的转录谱。在这项研究中，研究人员对98名患者的白血病细胞和健康B淋巴细胞，进行了深度RNA测序。
他们发现在CLL和正常B细胞之间，有数千个转录元件发生了差异性的表达，其中包括蛋白编码基因、非编码RNA和假基因。转座元件在CLL中全面摆脱了细胞对它们的束缚。此外，有两千个基因表现出CLL特异性的剪切模式。研究显示，CLL中涉及代谢通路的基因得到了更高水平的表达，而剪切体、蛋白酶体和核糖体相关基因被明显下调。
在此基础上研究人员将CLL患者分为两个亚类，一组在较长时间之内不需要治疗，而另一组则需要迅速进行治疗。进一步分析显示，这两组患者之间的差异，来自于淋巴结微环境中的B细胞受体激活。
“我们在对基因组进行功能性分析的基础上，区分了两个不同的CLL患者群体。在这两组患者之间CLL的侵袭性差异很大。理解这种差异背后的分子机制，可以帮助人们为CLL患者提供更个性化的治疗，”Dr. Guigó说。
