【求助】蛋白质的大小两个计算方法的结果不一样

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• 大大 (2015-4-05 17:57:48)

  是可以用来计算分子量和等电点 前体是你必须知道全基因或者全氨基酸的序列
  用1389/3*110  是根据氨基酸的量来算平均分子量
  114718.07/1000及转换成KD 是相对精确的算法，但也还算是平均分子量

• hcy517 (2015-4-05 17:58:20)

  用1389/3*110方法算最后结果约为51KD,而用114718.07/1000方法算结果约为115KD，其实我最不明白的是为什么两种算法差值会有这么大。还有一个就是做完western blot 之后跑的胶都能分别看到这两个大小的泳道，所以我就不知道我的蛋白大小到底应该是哪个。谢谢！！麻烦帮忙解答一下！

• qinqinai (2015-4-05 17:59:01)

  第一种计算方法应该是一种采用平均值的近似计算，但是计算时似乎错了一点儿问题，根据楼主帖中的介绍“已知该蛋白质的长为1389aa，相对分子质量为114718.07m.w.",考虑到20种氨基酸得平均分子量及某些氨基酸在蛋白中的出现概率，在计算蛋白的相对分子量是可近似认为1个氨基酸是110Da，那么1389个氨基酸应该近似为1389*110=152790，即近似为152kD。楼主给出的计算公式好像是认为该蛋白质的编码序列为1389bp，那么除以3得到氨基酸数。但是既然是平均，那么具体的蛋白质中各氨基酸的含量就会与平均值出现差别，因此该值仅作不知道序列时的参考。

• 兔子 (2015-4-05 17:59:37)

  楼主给出的第二个数值，应该是使用一些软件计算出的分子量吧。已知道蛋白质的氨基酸序列的情况下，那么该蛋白质的分子式是可以写出的，从而计算出准确的分子量。如果楼主给的第二个数值来源于此，那么该值是可信的。

• efp (2015-4-05 18:00:18)

  Western Blot在115kD和51kD均出现条带，不知道楼主使用的什么材料来做的。楼主可以考虑一下几方面，如果是原核表达/体外纯化，是不是该蛋白质在表达过程中由于稀有密码子问题出现截短表达，或纯化过程中存在降解，115kD已经不小了，存在境界的可能性还是很大的。

• hcy517 (2015-4-05 18:01:04)

  如果是体内材料来做的话，考虑是不是该材料在体内本身就存在两种不同的形式，来行使不同的功能。
  希望对楼主有所帮助。