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送给生物实验室达人的10个偷懒技巧

2015.4.13

  1、质粒DNA提取

  提取质粒的时候,最后一步的酒精挥发很关键,基本上是其后续的酶切反应的决定性因素。所以这一步尽量挥发长一点时间,最好是空调吹热风,或是37度温箱放长一点的时间,我试过室温过夜,酶切很好。

  将amp浓度提高到200ug/ml,下班前接种,次日一早收获菌体,此时OD虽然不高,质粒丰度却不一般。菌体量少些,操作体积(管数)也小(少)。

  手提质粒,如果用氛氯仿和氯仿两步抽提,再注意一下手法,严格按照参考书上面的操作的话,提出的质粒不比任何质粒提取试剂盒差,我感觉好像还好一点,我就用过一次试剂盒,比较了之后不如我手提的好,以后再也没用过了。

  2、 Western Blot

  做western blot的时候,大家往往会摸索一抗、二抗的浓度,封闭时间,曝光时间等等,而每次变换其中的一个条件就需要从新跑胶、转膜,甚至重新提蛋白,这样会浪费大量的时间。其实完全没有必要这样。一次转膜后,将PVDF膜晾干,裁减成小块,保存起来,用的时候取出一块,没有任何影响。这对于摸索条件的战友来说,节约了大量的时间。

  做western blot 转膜时,胶放在转膜缓冲液中一段时间,待胶在含有甲醇的缓冲夜中缩小的差不多后装 好转膜装置,我的经验是把膜印在胶上直接在膜上画出预染maker条带,方便的很。因为很多时候跑电泳时胶上的预染maker很清楚,等转膜后就不是分辨的很清楚了。不过要注意画好预染maker后就不要使胶和膜发生对位移动了,以防maker失去参照价值。

  器具的清洁非常重要,开始做前,为了安全,尤其是装胶的厚薄玻璃板,可以先用中性洗涤剂和自来水反复冲洗,确保无洗涤残液后用蒸馏水冲洗2-3遍,然后用去离子水冲洗一遍。最后用95%酒精再擦一遍后晾干备用。

  配胶最好现用现配,先配下层胶(分离胶),后配上层胶(浓缩胶或积层胶),而且在临灌胶前加APS并迅速混匀,即用移液枪抽吸与注入1-2次即可。

  3、缓冲液和培养基配置

  (1)将缓冲液配方中的成分分别以10-100倍配成母液储存,需要的时候只需将相应的母液混合,补加水稀释即可;

  (2)配培养基时通常会忘记各成分的量,如配LB时的三个成分不记得到底哪个是5 g,哪个要10个,因此可以在常用的试剂瓶的标签上注明所需的量,如配LB时,在NaCl瓶外注明10 g/L, yeast 5 g/L, tryton 10 g/L等,很方便,不需要每次配之前临时翻书。

  4、 PCR

  在做克隆鉴定的时候经常需要在酶切鉴定前进行PCR鉴定,每次配置PCR反应液很繁琐,可以将其配置类似kit的形式,按你需要的反应体系列表,然后放大100倍配置100×主反应液(100次反应),其中含buffer,Mg2+,dNTPs,但不含引物和Taq酶,然后可以10×分装或一管储存在-20度,在需要的时候拿出融开,然后按所需的PCR反应个数吸取相应的倍数,再补加相应反应倍数的Taq和引物,混匀后分装,这样做的好处如下:

  (1)可极大的节省宝贵的时间,可早点收工,看球;

  (2)避免每次反应加样不均的可能;

  (3)大大减少PCR假阳性的产生。

  5、酶切

  如果是要做酶切,提质粒的最后一步最好是用水溶解DNA,因为TE里面的离子会影响酶切的效率。

  双酶切制备克隆插入片段的载体,最好选择带有外源片段的质粒,是否酶切完全,从电泳条带的分子量上可以比较明确地判断。空质粒单切完全和双切完全在分子量上差异不大。

  在做酶切时,也可以象PCR一样配置主反应液,每次反应前先列好反应的体系,算好需要的反应数,然后按所需反应的体系按所需反应数放大,加入buffer、酶、水,质粒栏空缺,然后混合后按除质粒DNA的体积分装,然后再在每管中加入相应体积的质粒DNA酶切,这样做的好处如下,特别是当同时有10几个阳性克隆需要鉴定时尤为明显:

  (1)各反应成分均一;

  (2)可大大减少限制型内切酶的使用;

  (3)节省时间。

  6、 大肠杆菌转化实验

  有时候第一天涂的转化平板、次日早晨转化子可能长成的菌落比较大(1~2毫米以上,BL21就长得快),下一步转化子做质粒鉴定。这个情况下可以直接挑取一块菌苔(勿带出培养基),50微升酚/氯仿悬浮菌体,放置两分钟,加40微升TE抽提,上层TE吸出后再氯仿抽提一次,吸取上层TE即是质粒提取液。提取的质粒可以直接用于电泳和酶切。这样操作,可以省去转接液体试管的培养步骤,至少节省6~8小时的时间。但是,要在各步骤都控制得很好的情况下才能保证提取和酶切的效果,不同的实验室或者操作者未必能够很方便地重复。

  转化时一定要做一个宿主菌的对照,即重组质粒涂板后再用宿主菌涂响应抗性的平板,以确定第二天长出来的克隆是否正确,我当时做了三次转化之后才发现不成功竟然是由于BL21可以在Amp(+)的平板上面生长。

  7、蛋白质的表达、分离、纯化

  当蛋白大量的表达时,包含体的形成几乎是不可避免的,而且很难通过改变一些诱导条件来改变,最有效的办法就是换表达系统,所以如果时间还充分的话,可以尝试一下,如果时间较短了,还是安心的座包含体蛋白的处理算了,而且变性之后的蛋白通过一些方法复性率也可以达到60%以上。

  8、PCR扩增产物的克隆

  引物设计主要是要注意以下几个事项:

  (1)发夹结构;

  (2)反向配对;

  (3)GC含量(40-60%);

  (4)退火温度(45-65度);

  (5)引物长度(18-27bp);

  (6)3' 端最好是C、G(提高结合度);

  (7)引物在序列中的错配位点。

  大致就这几个方面,重要性依次降低,由其是3' 端绝对不能形成发夹结构。

  那么你说你这段能不能设计引物呢?其实设计引物都只是好中选优的问题。

  9、细胞冻存和复苏实验

  (1)可以提前把需要的体积的培养液放到培养瓶里,拧松瓶盖,放到孵箱里半小时到1小时,这样温度和ph值都已经最适合细胞生长了。

  (2)为防止冻存管在升温时爆裂等,可以在放入水浴前就实现在超净台里把盖子拧松一下然后再拧上。从液氮罐里拿出来不是说一定要分秒必争地放入水浴。细胞从液氮的零下1百多度升到比如负八十这个过程对细胞没有损害。有足够的时间handle这些。只不过一旦细胞化了,就应该争分夺秒地把它放入培养液了,主要是为了稀释DMSO。常温下高浓度DMSO对细胞的损害比较大。

  (3)水浴温度40℃应该也没问题,但正规的protocol上从来都只说37℃。反正应该相差不大,但不能太高了。另外,不必等细胞全化了再从水浴里取出来。只要冰块浮起来了就差不多了。我一般最多水浴不超过1.5分钟。然后经过喷酒精消毒什么的差不多又半分钟过去了。每次都还有没化的。先把已经融解的部分吸到培养瓶里,再从培养瓶里吸些培养液到冻存管里,余下的冰块瞬间就化了,再一起吸到培养瓶里。

  10、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)

  (1)RT-PCR有两种做法

  条件具备的话可用kit进行一步法进行;若条件不太好的话可分两步进行逆转录再PCR。但后来发现两步法的结果更加理想,条带特异性强且无拖尾现象,我推测是体系更加单一比较利于PCR的进行,当然也可能是我买的kit不太好。(promega)。

  (2)RT-PCR应具备的条件

  高质量的RNA(保留后可做5‘,3’RACE);引物的(最好产物短点);若涉及粗略定量的话还应考虑RNA的浓度或是cDNA的浓度(如果由内标分子更好,但我发现其实很不容易将RNA的浓度以及内标分子的表达量调整的完全一样);体系的均一性等。

  (3)RACE

  我做过RACE(3’RACE是宝生物的Kit;5‘RACE是Gibico),但现在再进行另一个同源基因的3‘RACE时却怎么也P不出来,这两个基因是由同一对引物扩增出来的,其中一个已经获得了全序列(RACE的方法),而另一个基因的3’UTR却增么也扩不出来,我推测是不是该基因的3‘UTR太长的缘故。

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