2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP）学术报告（二）
2014年11月12日， “2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP）”在中国科学院计算技术研究所举行。CNCP-2014由中国人类蛋白质组组织、中国科学院计算技术研究所、北京蛋白质组研究中心、北京生命科学研究所主办，中国科学院计算技术研究所pFind团队承办，会议得到了赛默飞科技（中国）、布鲁克（北京）公司的赞助。会议邀请到26位来自海内外的一线专家学者与会报告，来自北京、上海、辽宁、天津、美国、香港等地的学者180余人出席了此次盛会。分析测试百科网作为支持媒体参加了此次大会。
2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP）会议现场
会议第二天由来自复旦大学的陆豪杰教授，北京大学的刘小云教授，中国科学院上海药物研究所的黄蔚研究员，中国科学院大连化学物理研究所的单亦初研究员，中国科学院遗传与发育生物学研究所的汪迎春研究员，华中师范大学的钟鸿英教授，北京蛋白质组研究中心的应万涛博士，复旦大学的刘铭琪博士，中国科学院大连化学物理研究所的叶明亮研究员，印第安纳大学的汤海旭教授，波士顿大学的林诚博士，中国科学院上海药物研究所的谭敏佳研究员，华中农业大学的张红雨教授带来精彩的大会报告。
复旦大学 陆豪杰教授
复旦大学陆豪杰教授的报告题目为《Advancements in Tandem-MS based proteome quantification》。随着蛋白质组学研究的发展，定量蛋白质组学已经成为蛋白质组学研究里的一个非常活跃的领域。定量蛋白质组学的发展需要一些质谱(MS)的定量技术支持。以串联定量为基础的MS-2和MS3的量化研究，是一个正在被快速采用并且研究广泛的定量蛋白质组学工具。陆教授通过报告指出离子量化能够提供灵活性和复用能力，而肽离子碎片量化可以提供更好的准确性和精度。最近新开发的tandem-based方法综述了定量方法的优缺点，在基于串联质谱的定量研究中有很好的发展空间。
北京大学 刘小云教授
北京大学刘小云教授带来的报告是《病原菌与宿主相互作用的蛋白质组学研究》。长期以来人们一直认为宿主细胞内各种营养和环境的差异将迫使细菌病原体重塑蛋白质组。可若是在体内直接测量细菌蛋白质组可能导致感染问题所以一直在技术上存在困难。因此为了揭示病原体在细胞内定位的适应机制，刘教授提出了一种策略，从一个全面蛋白质组学的角度来调查从受感染的上皮细胞分离的沙门氏菌的不同的阶段。实验发现在~2700、> 100的丰富蛋白质在沙门氏菌细胞内的复制现场显著改变，而显著的区别是细菌铁采集系统的大规模的感应，所以得出结论是宿主存在严重的铁限制。
中国科学院上海药物研究所 黄蔚研究员
中国科学院上海药物研究所黄蔚研究员的报告题目是《Functional Glycomics: unveiling the role of protein glycosylation》。糖基化的主要翻译后修饰的蛋白质参与许多重要的生物过程，如蛋白质折叠和质量控制、细胞粘附和迁移、病毒进入和发病机理、免疫反应和监管等，并且超过50%的哺乳动物蛋白质和大约70%的临床蛋白质药物是糖蛋白，所以多糖结构可能明显影响糖蛋白的功能。但是多糖结构的异质性却在很大程度上妨碍了对天然糖蛋白结构功能的研究。为了能够顺利的研究蛋白功能，报告中提出一种糖类合成的方法可以对其构造进行均匀的改变，用于研究糖基化蛋白质的作用功能。该方法包括本地的N-聚糖文库的构建及酶促糖基化重构功能糖蛋白。功能研究表明，连续的碳水化合物基团显着影响相对分子识别和蛋白质的性质。
中国科学院大连化学物理研究所 单亦初研究员
中国科学院大连化学物理研究所单亦初研究员的报告题目为《Peptide Terminal Labeling Assisted Proteome Identification and Quantification》 。多肽末端等重标记方法被广泛应用于蛋白质组学研究，然而，同一肽段的不同标记增加质谱图的复杂性，不利于肽和蛋白质的识别。但是，成对碎片离子出现在同一质谱图的特点可以用来确定碎片离子，减少假阳性匹配。基于这一原则，报告中提出了一个基于成对碎片离子评分的算法（PISA）来提高蛋白质鉴定和定量的数目。与其它基于数据库的搜索软件相比，它可以鉴定到更多的谱图，多肽和蛋白质（30-177%）。此外，由于成对碎片离子的应用，这种算法也可以应用于高准确度从头测序，是确定高转移力肝癌细胞系蛋白质突变的一种有效手段。
中国科学院遗传与发育生物学研究所 汪迎春研究员
中国科学院遗传与发育生物学研究所汪迎春研究员带来的报告是《Systematically Ranking the Tightness of Membrane Association for Peripheral Membrane Proteins》。大规模定量评价非跨膜蛋白膜结合的松紧对识别真正的外周膜蛋白功能是很重要的。报告中使用蛋白质组学方法同时排名1000以上相对严密的光合生物模型集胞藻PCC6803。使用多个精确的排名和实验验证为标志的光合蛋白复合物的外周的亚基，研究人员发现，蛋白质的双组分的信号转导系统和转运总体与膜紧密相关，而核糖体蛋白的关联就弱得多。这项工作提供了一个全球性的相对于不同功能膜蛋白质组结构组织的观点，并对动态膜蛋白质组的重组和内部刺激的研究奠定了基础。
华中师范大学 钟鸿英教授
华中师范大学钟鸿英教授的报告题目为《蛋白质-小分子相互作用的质谱定量分析》。蛋白质与药物相互作用的研究是重要的药物ADME（吸收，分布，代谢和排泄）过程。传统的晶体学技术能够显示在固态蛋白质药物配合物的结构，但是在水溶液中的蛋白质和结合的配体的不同贡献的三维结构却仍是未知的。钟教授在报告中描述一种了基于质谱技术，可以定量地确定固有亲和力、外源性化学物质和蛋白质拓扑依赖性诱导变化的研究方法，可以很有效的分析蛋白质和小分子的相互作用。
北京蛋白质组研究中心 应万涛博士
北京蛋白质组研究中心应万涛博士的报告题目为《糖型特异性的糖蛋白质组学研究》。影响糖基化的非均质性和不同糖基的糖蛋白功能作用的因素是糖生物学的重要问题。为了探讨这些问题，就需要大量的特定糖基化信息。高通量糖蛋白质组学的发展途径可以解开在大规模的N-糖基化位点的分布。然而，在特定的N-糖基化表征范围仍然是一个巨大的挑战。报告中提出了一种研究策略，它能够在基于N-糖基化的N-聚糖生物合成抑制剂的条件下区分糖基承载复合型糖链和混合。最终结果有803个位点发现轴承复合型糖链，也有很多CD分子轴承不同类型的糖基被发现。
复旦大学 刘铭琪博士
复旦大学刘铭琪博士的报告题目为《Deciphering glycoform of site-specific glycosylation based on high-throughput HCD/CID-MS/MS and MS3》。站点特定的糖基化高通量分析是蛋白质组学的最严峻的挑战之一。报告中提出了一个基于高通量的HCD / CID-MS/MS和MS3站点特定的糖基化糖型的全面解密。目前，它可以解释大部分对10蛋白样品的糖基化位点，两个肽骨干和聚糖碎片收集每个糖肽与严格的分析假阳性率。结果表明，这种方法未来将会是站点特定糖基化研究的有力工具。
中国科学院大连化学物理研究所 叶明亮研究员
中国科学院大连化学物理研究所叶明亮研究员的报告题目为《Glycoproteomics analysis and data processing》。站点特定的糖基化具体表征需要聚糖成分，蛋白质特定附着位点的识别和通过质谱鉴定的糖肽。目前的高通量表征完整糖肽来自复杂的蛋白质组样品的分析和计算。报告中提出了一个蛋白质组学的方法，从确定完整的双肽糖肽，由数据库搜索精确的反应，编辑数据库修改肽的识别等方面来定位这些副反应，结果虽然可以成功地识别副反应，但可能会严重损害糖蛋白质组学分析性能的几种类型。
印第安纳大学 汤海旭教授
印第安纳大学汤海旭教授的报告题目是《a computational framework for discovery of glycoproteomic biomarkers》。汤教授指出他们的团队开发了一个发现生物标志物对糖利用的质谱数据计算框架，它可以识别（和量化）采用常规的蛋白质组学工具和协议复杂样品中的糖肽，可应用于临床无特异蛋白质组学样品制备和分析协议，并用于不同的生物样品(细胞系组织血液动物模型），是一项很有发展前景的技术研究。
波士顿大学 林诚博士
波士顿大学的林诚博士介绍了《De Novo Glycan Sequencing by Tandem Mass Spectrometry》。聚糖在生命系统的多边功能源自他们结构的复杂性和多样性。串联质谱分析(MS / MS)最近成为研究结构性蛋白不可或缺的工具，特别是多糖结构的详细信息可以通过串联质谱分析生成。然而，对于解释复杂的生物信息学工具，目前缺乏高分辨率多糖串联质谱数据。林博士在报告中讲述了使用串联质谱分析的生物信息学综合结构的管道聚糖，它不仅能够实现基于光谱与质谱的新创多糖测序，还可用于高通量准确的hs从头测序。
中国科学院上海药物研究所 谭敏佳研究员
中国科学院上海药物研究所谭敏佳研究员带来的报告题目是《Lysine glutarylation is a protein posttranslational modification regulated by SIRT5》。蛋白翻译后修饰是细胞生命活动的基本形式之一，也是细胞精细调控其诸多生理过程关键生物学通路之一，并与很多疾病的发生发展休戚相关。此项研究工作通过综合运用修饰抗体、生物质谱和生物化学等方法，发现了赖氨酸戊二酰化这种细胞中新的蛋白翻译后修饰方式，阐明了SIRT5与戊二酸尿症之间的密切关系，提示了SIRT5是潜在的戊二酸尿症药物治疗和干预靶点，及研发靶向激活SIRT5活性药物用于治疗戊二酸尿症的新思路。
华中农业大学 张红雨教授
华中农业大学张红雨教授带来的报告题目是《exploring the origins of proteins be atp selection in a random peptide library》。张教授在报告中提出了一个蛋白质来源配体的选择模型，他认为最古老的蛋白质（c.37）起源于ATP池选择随机的肽。因为在原始世界预生物合成氨基酸是最为简单有效的，因此随机肽库减少氨基酸字母可能更适合探索蛋白质的来源。于是研究团队利用cDNA显示技术，构造了一个由15种氨基酸组成的随机肽库，然后利用ATP做六轮的体外筛选。由最普遍的序列定义下一代测序方法。最终发现该序列最适宜c.37.1折叠家族和ATP结合与水解活动，这个结果为原始蛋白质是ATP从随机肽库选择提供了直接的证据。
更多第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP-2014）相关报道参见：
2014第三届中国计算蛋白质组学研讨会（CNCP）学术报告（一）
