根据类病毒RNA结构中是否含有保守区模块，将类病毒分为两个科，即马铃薯纺锤形块茎类病毒科（Pospiviroidae）和鳄梨日斑类病毒科（Avsunviroidae），后者在其结构中没有保守区，但可实现锤头中间体的自我剪切（hammerhead-mediated self-cleavage），根据保守区能形成的侧翼序列的类型，将马铃薯纺锤形块茎类病毒科分为四个属；又根据锤头中间体自我剪切的产物不同，将鳄梨日斑类病毒科分为两个属，已经发现的类病毒共四十余种。

马铃薯纺锤形块茎类病毒科

马铃薯纺锤形块茎类病毒属（Pospiviroid）：代表种有马铃薯纺锤形块茎类病毒（Potato spindle tuber viroid）

啤酒花矮化类病毒属（Hostuviroid）：代表种有啤酒花矮化类病毒（Hop stunt viroid）

椰子死亡类病毒属（Cocadviroid）：代表种有椰子死亡类病毒（Coconut cadang-cadang viroid）

苹果锈果类病毒属（Apscaviroid）：代表种有苹果锈果类病毒（Apple scar skin viroid）

锦紫苏类病毒属（Coleviroid）：代表种有锦紫苏类病毒1（Coleus blumei viroid 1）

鳄梨日斑类病毒科

鳄梨日斑类病毒属（Avsunviroid）：代表种有鳄梨日斑类病毒（Avocado sunblotch viroid）

桃潜花叶类病毒属（Pelamoviroid）：代表种有桃潜花叶类病毒（Peach latent mosaic viroid）