DNA条形码研究的核心是采用某一基因片断用于物种鉴别。在对动物的研究工作中，目前主要是采用线粒体细胞色素氧化酶1(CO1) 5’端约650bp左右的区域。但是该片断的选用没有充分的依据表明它的效力，并且有证据表明它不能很好的识别某些类群的物种。因此，中科院动物研究所科研人员基于真哺乳动物亚纲1179条线粒体基因组序列，对线粒体基因组中各蛋白质编码基因，采用生物信息学方法评估其作为DNA条形码的效力，期望在线粒体基因组范围内寻找出最合适的基因片断用作分子标记。
基于物种识别率，种内及种间变异，高级阶元解决能力以及基因饱和度等四项标准，研究结果表明：目前通用的CO1 5’端可以反映各线粒体蛋白质编码基因用于物种识别的效力；该片断与其它基因相似，可以使物种识别率达到90%以上，且各基因片断间在种内及种间变异上不存在显著差异。不过，对于某些类群，各线粒体基因片断依然存在种内与种间变异相重叠的问题；这些线粒体基因片断对物种以上较高级分类阶元水平的解决能力有限。