Nature Gen：外显子测序发现肺癌新突变基因
最近，来自美国几所主要大学和俄罗斯ITMO大学的研究人员，在肺癌细胞中发现了一些新的驱动突变（driver mutations），可能用于基因靶向治疗和免疫治疗。相关研究结果发表在最新一期的《Nature Genetics》杂志。
在超过1000名肺癌或鳞状细胞癌患者中，研究者对他们的肿瘤外显子组序列进行研究发现，两种常见肺癌亚型都含有体细胞突变和抗原特性，这可能会用于靶向治疗或免疫治疗。
美国和俄罗斯的研究人员在《Nature Genetics》中声称，他们对660名肺癌患者和484名鳞状细胞癌患者进行了肿瘤样本和正常样本外显子组测序，基于阵列的拷贝数型分析和免疫原性预测。
在这个过程中，该团队检测到了很多显著突变基因，但只有极少数突变基因在两个肺癌亚型中重复出现。这表明靶向的治疗需要随着亚型的不同而改变。每个肿瘤亚型中大约一半肿瘤会表达几种不同的抗原决定簇，而这些抗原决定簇有利于免疫治疗。
Joshua Campbell在一份报告中说，他们已经确认了几种不同的复发突变。这些突变可能会被免疫系统识别，因此他们将可能是肿瘤疫苗强有力的“候选人”。
Campbell和同事利用安捷伦SureSelect外显子组包来捕获肿瘤和正常肺癌样本的蛋白质编码区域，然后通过Illumina双末端配对序列进行测序。他们使用统计方法检测潜在的癌症“司机”突变（driver mutations），并通过比对正常样本数据和近3000名正常外显子组来过滤“乘客”突变（passenger mutations）。
结果表明两个癌症亚型之间的显著突变基因谱不同，每种亚型都含有与吸烟有关的突变标记（mutation signatures）。
Campbell说：“我们需要进一步研究是什么导致基因突变，这种突变会导致某种细胞不受控制地生长，而对另一种细胞无影响。这方面的知识将帮助我们更好地理解肿瘤生长的分子通路，并帮助我们设计出更好的药物。”
该团队发现肺癌中高突变的38个基因，这其中包括PPP3CA，DOT1L和FTSJD1等疾病的以往研究中未曾发现的几个突变基因。对于肺鳞状细胞癌，他们发现了20种显著突变基因，包括RASA1。在此之前，一直没有人发现RASA1与这种亚型之间的联系。
11处局部放大峰和13处局部删除峰表明，两种肺癌亚型都发现了六种显著突变基因。但是大多数峰都是特定于某一个肿瘤亚型的。
在过去的研究中，受体酪氨酸激酶突变在肺癌中非常普遍。但是研究人员发现，在没有酪氨酸激酶受体改变的肿瘤亚型中，基因如SOS1，VAV1，RASA1和ARHGAP35突变会非常普遍。
总体而言，鳞状细胞癌与身体其他部位的癌，如膀胱癌，吸烟相关的上皮癌，以及头颈部鳞状细胞癌共享更多的分子特征。
最后，该团队在47％的肺癌和53％的鳞状细胞癌中，发现了五个抗原决定簇。
Campbell说：“一些高复发的基因突变可以产生抗原决定簇，未来的研究可能会进一步揭开免疫抑制剂和个性化疫苗的临床表现与这些抗原决定簇之间的关系。”
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