【求助】SNP方法到底哪种最可靠？

字体: 小中大 | 打印发表于: 2016-2-10 15:02 作者: langlang 来源: 分析测试百科网

本人最近用ABI的探针做SNP,与酶切法结果比较，居然有差异！酶切结果是野生纯合子和突变纯合子在探针法上都成了杂合子，真伤脑筋。酶切法应该也是公认方法，许多高分文献都应用的，从理论上看，ABI的探针做SNP应该也没问题，结果为什么会有差异，是不是需要再来测序啊，这个工作量也太大了，本来样本量就大。有什么办法解决吗？高手们

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【求助】SNP方法到底哪种最可靠？

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prettygirl@ (2016-2-10 15:04:31)

1、 SNP检测的金标准是测序，这个是没问题的，同时还可以发现很多新的SNP位点。
2、其次是SNPshot的方法，这个方法的平台也是测序仪，使用片段分析微测序的原理，对引物的设计有一定的要求。
3、再次是TaqMan探针的方法，检测结果的准确度和测序方法吻合度很好，适用于大样本量检测。
4、质谱法也还可以。
5、杂交芯片法准确度稍差。
6、HRM也可以做SNP，准确度一般，而且对仪器要求高。
以上几种方法除测序法外，都不能做到100%精确度检测。
PS：TaqMan探针检测所提供的数据包含扩增曲线，曲线指数增长期可以显示不同的扩增效率，可以辅助我们进行分型。上面shicongcong同学提供的图片应该是线性图谱，如果更换成youken同学发的那种对数图谱会更明显的看出不同的扩增效率。
毕竟对于困难位点各种检测方法都有局限性，这是我做SNP的经验，希望能够帮助大家。
viviwang1987 (2016-2-10 15:05:16)

我用的是加MGB 的探针，可是纯合子也跑出来了两条带，但勉强可以区分，是不是表示探针特异性设计有问题，请大虾们帮忙分析一下？还有，ROX的量是否合适？下图1是纯合子，图2是杂合子。

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langlang (2016-2-10 16:04:53)

怎么没人回答啊，还有，等位基因的散点图能判别出基因型，但看对应的扩增曲线却全都有2条带，这不是杂合子吗？困惑中
yyaxw84 (2016-2-10 16:06:00)

有没有可能你测的SNP位点旁边有其他的多态位点，而探针序列正好设计在这个多态点上呢？
langlang (2016-2-10 16:06:21)

是的，有的，但是ABI公司设计和合成的，说是成功了的
yyaxw84 (2016-2-10 16:09:27)

哦，不好意思，我以为是探针法测得是纯合子结果呢。
总感觉用酶切的方法测SNP不可靠。
实在不行，还是挑几个样本测序看看吧。
langlang (2016-2-10 16:09:47)

但是ABI的探针法的结果，从扩增曲线和散点图来看，结果也不一致啊，等位基因软件的散点图判别出基因型，但扩增曲线上2条线都扩出来了，这不表示都是杂合了吗？
我想把图贴上来，怎么不行呢
tewank (2016-2-10 16:10:07)

可以挑一些进行测序验证。
langlang (2016-2-10 16:10:38)

看来只有这条路了，说来也奇怪，虽然扩出来的都是有2条带，但散点图却能判别，请看图A23号标本

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langlang (2016-2-10 16:11:02)

还有一张扩增图，同一标本A23号，纯合子

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langlang (2016-2-10 16:11:35)

哪位大虾给分析一下，为什么会这样，纯合子应该只能扩增出一条带的啊
changlhsyo (2016-2-10 16:12:03)

Taqman做SNP特异性需要加强
wanglaoshi (2016-2-10 16:12:20)

做已知位点的SNP分析采用焦磷酸测序是最方便的了，高通量，还可以实现定量，比例在5%以上的一般都能较有效的进行区分。当然，如果样品量太少，可能它的优势就不明显了。
langlang (2016-2-10 16:12:38)

大样本量去测序，经济上不划算
langlang (2016-2-10 16:13:06)

我就是不明白为什么纯合子会有2条带扩出来
jingling845 (2016-2-10 16:13:28)

精确性最高的是测序，测序是金标准，第二是质谱，第三是所有的基于杂交的检测；有钱就全上测序，没钱就先筛再测序。
chengjie79 (2016-2-10 16:13:46)

如果是已知的SNP突变，用焦磷酸测序技术进行高通量分析较好。
tianmei001 (2016-2-10 16:14:02)

酶切法又麻烦又不可靠，还是用Taqman吧
XYZQ (2016-2-10 16:14:29)

基因芯片
zhenxin (2016-2-10 16:15:05)

你把你的参考序列放上
最好测序验证一下
还有你abi用的什么机器和软件？