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【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？
这是一个我思考了很长一段时间的问题。我现在也就是一个老菜鸟，什么都知道一点，但是了解得都不深。按照我现在的理解，蛋白质组学研究最重要的意义，就是可以看出不同状态下细胞蛋白质组的变化。比如在正常生理条件下跟存在压力的条件下相比较，或者是正常细胞跟病变细胞相比较，或者是同一种细胞在不同的生长发育阶段相比较等等。其实说真的，在我心里这甚至是蛋白质组研究的唯一意义，因为我实在想不出它还有其他的什么意义。现在的情况是，如果运气好发现在不同状态下细胞的蛋白质组的确有明显变化，表现为2D上面某些点的有无或是量变，那么如果要进一步研究的话还是要一个一个地去做蛋白功能。我想讨论的是，蛋白质组学研究是不是想我想象的那样，只是能够为研究者缩小备选蛋白的范围，从而为选择到底应该去研究哪些蛋白提供一个方便。【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？
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最新回复
98776langtao (2013-6-01 16:30:02)
同意楼上，蛋白组学本身就是一个不确定，可靠度不强，简单说，就是没办法让人信服的方法。比如用一些蛋白片断匹配样品来鉴定，并且仅仅匹配到这些片段百分之几，而不是匹配整个蛋白，这样的鉴定可靠性的多少不说大家也知道。或用等电点和分子量来参考，去看匹配高的蛋白的功能同样可信度也让人怀疑，或用软件去分析图表，难怪以前有人说这是在自圆其说，实在是让人无奈。
所以蛋白组学现在并不能具体很好的解决问题，但是每一种方法都有其发展的过程，pcr从最开始在不同温度间拿来拿去到现在加完样往仪器里一放也是要有发展的过程的，所以我觉得不应全盘否定一个方法，她也一定有它的优越之处，这也在于我们后来人的发现与探索，方法本身的问题其实也正是我们的问题，我们为什么不去努力修正完善呢
NBA (2013-6-01 16:30:20)
蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路最好的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。蛋白质组学研究不仅是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。 这个或许是它的一个重要意义!
DDD (2013-6-01 16:30:39)
蛋白质组学的优缺点并存，一方面，投入大，回报微；从事2D感觉自己是一个不折不扣的labor, 筛选过程婉如大海捞针。另一方面，目前以至未来相当一段时间内，这一手段还将在蛋白质的研究与鉴定上占主导地位；采用质谱方法从PMF到序列的测定是值得信赖并且快速可靠的鉴定手段。
mimili_901 (2013-6-01 16:31:01)
蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种可称为“竭泽法”，即采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。其意义大致是说，可以help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs . 由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标,。另一种策略可称为“功能法”，即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。意义在于of potential importance as diagnostic and therapeutic biomarkers and help to identify the proteins associatted with the development..
这两种策略同时存在难溶的膜蛋白及低丰度蛋白等不能被检测到，虽然现在分离的技术有所改善。但是，我想有些可能真正有意义的蛋白是不可能被检测到的。
同时，鉴定技术也存在很大的挑战。short-gun，一条带鉴定出几十个蛋白，每个都有那么可信吗？值得怀疑。虽然有很多的算法与理论支撑着。
不过，前面有人说过，每一种方法都有其发展的过程。通过蛋白质组发现一些
potential的东西，再通过其他的实验手段来检测或更深入的了解，或者通过蛋白质组的方法来验证在实验中发现的有意义的蛋白，我想，还是可取的。
还在深入了解学习中。
NBA (2013-6-01 16:31:21)
首先我们必须要回答"蛋白质组学研究到底有多大意义？"这个问题,我认为肯定有它的意义,这也许只是一个开始,所以碰到问题是理所当然的,对生物的研究犹如上个世纪对化学的研究一样,百花齐放.这是需要各项技术的创新性和跨世纪性的突破,这都依靠我们现在的科技工作者.既然只是一个开始,我们咎由自取更多的机会,有了更多的机会我们才有更多成功的机会.
veiwu (2013-6-01 16:31:47)
QUOTE:
你说的这个很有道理，不过从本质上来说还是差异表达，有表达差异的蛋白就是潜在的诊断marker或者药靶。你贴的文章我也看了，其中就提到一点，蛋白质组学是要研究细胞在某一个状态下的所有蛋白。具体的就是做两方面的研究，一是做所有蛋白的表达模式，差不多就是现在n多人在做的2D；而是做所有蛋白的功能研究。表达模式的研究可以通过2D等方法实现高通量筛选感兴趣的蛋白，可是功能研究好像很难实现高通量吧，只能一个一个地去做。我也知道现在蛋白质组学的研究是在刚刚起步的阶段，我最想知道的就是，当前阶段的蛋白质组学研究除了用差异表达来筛选靶点之外还有没有其他的什么意义。veiwu (2013-6-01 16:37:03)
QUOTE:
不好意思，你说的第一种策略我没看懂，能不能再详细说说。我主要是没看出来你说地这两种策略有什么区别，难道你说的第一种是不需要进行差异表达对比就可以“help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs“的吗？any333 (2013-6-01 17:29:41)
目前基本是测序鉴定技术
看谁钱多 有猛仪器
就可以发什么改进的文章 嘿嘿
ero11 (2013-6-01 17:31:29)
要是样本与正常对照间差异表达点太多（数十个），都作质谱分析的话是很烧钱而且不一定有回报的活动，这就是目前2D下游工作的最大困惑
popo520 (2013-6-01 17:32:02)
没想到还有这么多的人怀疑蛋白质组学，呵呵。
楼主的困惑在于把蛋白质组学局限于比较蛋白质组学这一块。其实你说的只是蛋白质组学的一种策略。其实蛋白质组学一经出现，就有两种研究策略。一种采用高通量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质，这种观点从大规模、系统性的角度来看待蛋白质组学，也更符合蛋白质组学的本质。但是，由于蛋白质表达随空间和时间不断变化，要分析生物体内所有的蛋白质是一个难以实现的目标。所以很多人提出了另一种策略：功能蛋白质组学[。即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。这种观点更倾向于把蛋白质组学作为研究生命现象的手段和方法。
不过从总体上看,蛋白质组研究可分为四个方面：(1)对细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） 的研究。(2)建立在X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、***核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）技术基础之上地蛋白质的序列和高级结构（结构蛋白质组学）地研究。(3)对蛋白质的胞内分布及移位（细胞图谱蛋白质组学）地研究：确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。(4) 蛋白质的功能模式（功能蛋白质组学）
因此，我们做鉴定的蛋白质组学只是很初步的一个东西。蛋白质组学的发展潜力不容少视！
国际上已有实验室把蛋白质组学在疾病上的研究上的文章做到了 science ，nature.
49888 (2013-6-01 17:38:03)
人体内真正发挥作用的是蛋白质，蛋白质扮演着构筑生命大厦的“砖块”角色，随着的人类基因组计划进入尾声，生命密码被破译，一个以蛋白质和药物基因学为研究重点的后基因组时代已经拉开序幕，蛋白质将是今后的重点研究方向之一。但是，蛋白质的分离和鉴定非常费时，蛋白质功能的确定更是一个难题，并且目前测定蛋白质的技术远远落后于破译基因组的工具。人体内估计可能有几十万种蛋白质，这大概需要10年时间进行识别。不管怎样，蛋白质组学一定能为人类健康事业带来巨大的利益。同时我们必须认识到，蛋白质组学作为一种新生领域，目前还处于初期发展阶段，就好像我们国家现在还处于社会主义初级阶段一样，仍有许多困难待克服。
ritou1985 (2013-6-01 17:38:34)
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这两种策略肯定是有区别的啦。第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库，现在这样的数据库网上也挺多的。这种方向也就不需要进行差异表达对比，也无对比可言。不知清楚否。
愿继续探讨。
mickeylin (2013-6-01 17:38:53)
如果不用机械作业,做这样一个谱图是需要大量的人力和物力的.但是我们知道用maldi-tof仅仅只能估计某个蛋白点可能为某个蛋白质,那么这种用
maldi-tof做出来的谱图对于其他的实验而言也仅仅只能做一个辅助的参考。也就是如果其他实验和谱图不一样也不能说明其他的实验就是错的。
那么是否可以认为做这种谱图没有太大的意义呢？？
veiwu (2013-6-01 17:39:24)
愿继续探讨。
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明白了，也就是说这种策略是为了建一个数据库，里面包含某种类型的细胞在某种特定状态下所表达的所有蛋白质的信息，就像当年的HGP测序一样。可是这里面问题多多呀。费时费力工作量大就暂且不说了，关键是就算做出了重复性很好的图，而且也把所有的蛋白都显出来了，那么这张图究竟有什么用处。我的感觉是短期内看不到有多大的用处，不知是否正确，还请牛人指点。
veiwu (2013-6-01 17:39:48)
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楼上的回复中提到的蛋白质组研究的四方面让我对蛋白质组研究有了一个比较明确的认识。我觉得这四方面里，在当前只有第四点，也就是差异表达既可行又有意义。第一点我觉得表达模式以及修饰的信息得到以后好像意义不大。第二点无法解决高通量跟快速的问题，第三点也是如此，虽然感觉比第二点要容易很多。所以我觉得这两点在当前的可行性不大。不知道各位战友是否同意。
uuooii (2013-6-01 17:40:13)
QUOTE:
第一点 意义怎么会不大呢，许多蛋白质都是在修饰与去修饰之间变化，修饰或者去修饰后才是其活性形式，与具体的细胞器定位相关，从而发挥作用；磷酸化 糖基化 乙酰化等，现在发现好多蛋白质都有乙酰化修饰，但是乙酰化蛋白质究竟起什么作用似乎还不太晓得，有人都要把它与磷酸化相提并论了，
uuooii (2013-6-01 17:40:29)
现在每个“组”都貌似很有前景，但是单独将他们分开来做，单一的“组”还是欠缺很多威力，不如狠一点，把他们都归入 系统生物学 算了，所以，每个“组”都必须整合起来，不然成不了气候；必须知道，哪个“组”里的某一成分起了变化，从而引起一系列“组”相应的变化；有时，我们仅仅是知道变化的结果，而对变化的因果却无法得知，这里面的因子越多越复杂，象我们这种土人又怎么能从千变完化里面摸出一点头绪出来
ha111 (2013-6-01 17:40:52)
这让我想起了哲学中的一种说法，万物从起点开始，最后还是要回到这个起点。我们想想吧，最初，我们只能根据某一生物的外在表型来区分差异，选择优良，后来，出现了经典的孟德尔遗传定律，人们认识到了基因的存在及其重要的作用，于是开展了轰轰烈烈的人类基因组研究，再后来，又意识到基因必须经过转录，变成ＲＮＡ然后才能发挥作用，于是又有了转录组学的出现，现在的蛋白质组学，是不是也是一个过度时期呢？因为表型是生物体所有性状的总和，那最后，我们是不是还是会回到研究表型性状呢？
veiwu (2013-6-01 17:41:43)
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蛋白质的修饰是很重要，这点谁也否认不了。可是你说的这些有关蛋白的磷酸化等等是针对个别蛋白，而不是整个蛋白质组，这样具体的信息在群友说的第一点研究里好像得不到。虽然蛋白质组远不只是2D，但是在当前蛋白质组研究好像在预分级之后马上要做的就是2D。我理解群友说的第一点是指跑出一张标准的2D图，从上面可以看出来蛋白的整体分布和修饰特征，但是这些信息我觉得没多大用处。至于uuooii提到的这些修饰的重大意义，又回到老问题上了，无法解决高通量并行研究的要求，只能一个一个蛋白地来做。
一家之言，欢迎探讨。
pencil菲 (2013-6-01 17:42:15)
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“黑格尔式的重返”？！
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/thread/826811')
这个帖子也谈了相关得思路,值得一看!
【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？