巢湖是我国最大的富营养化湖泊，近几年来，多次出现藻类水华大面积分布现象，对水源水质甚至整个巢湖市工农业生产和居民生活构成威胁。而高浓度的磷是诱发湖泊藻华的重要因素，因此控制巢湖磷含量水平是减缓巢湖富营养化、遏制水质恶化的重要途径。水专项湖泊主题巢湖项目针对巢湖水源地周边磷自然背景值较高、山体裸露区磷输出大的特点，进行“自然本底营养对湖泊富营养化影响及其控制技术与工程示范”的研究，研发与集成富磷背景区水土流失及磷拦截的物理和植物修复技术，建立源头磷污染生态拦截示范，取得了一定的成果和突破，达到有效控制巢湖富磷背景区的磷流失入湖，改善水源区水质的目的。
通过对巢湖北部区域1000km2的富磷地质剖面进行调查，研究人员获得了巢湖北部区域富磷岩层分布的地质图，并发现该区域富磷岩石中有机磷含量在30.23~57.95 mg/kg之间，约占总提取磷量的60.75%，无机磷形态中以Ca-P为主，几乎没有Ex-P；通过对巢湖25个沉积物钻孔，近4000个样品进行分析获得了磷在巢湖的蓄积历史，发现巢湖过去湖水总磷本底值在62μg/L左右，高于长江中下游其它湖泊约12μg/L左右,流域自然磷流失对水体总磷的影响约在20%左右。