天津工生所等开发出基于蛋白质乙酰化位点的生物信息工具
乙酰化(Acetylation)又称乙酰基化或乙酰化作用，是指将一个乙酰官能基团加入到一个有机化合物中的化学反应。在生命体中，蛋白质乙酰化作为一种非常重要的蛋白质翻译后修饰存在，它调控着细胞凋亡、DNA-蛋白质相互作用、DNA复制和修复、DNA转录活性及蛋白质稳定性等多种重要的生命过程。
中国科学院天津工业生物技术研究所宋江宁研究员带领的结构生物信息学与整合系统生物学研究组与中国农业大学生物信息学中心及澳大利亚蒙纳士大学医学院和信息技术学院的科研人员合作，对蛋白质乙酰化开展了一系列深入研究。该工作开发出新的生物信息学工具SSPKA(http://www.structbioinfor.org/Lab/SSPKA/)，用以精确识别基于物种特异性的蛋白质乙酰化位点。这一研究通过构建物种特异性高精度的蛋白质乙酰化数据集、提取各类有效特征，并结合高效的特征选择方法，建立了高准确率的随机森林机器学习模型预测蛋白质乙酰化，并针对不同物种的乙酰化位点预测模型开发了网络在线预测工具和本地预测工具，继而对人类蛋白质组进行了预测。这一生物信息学工具的成功开发，对于蛋白质乙酰化位点的序列—结构—功能关系的深入研究具有重要意义。
该研究得到中国科学院百人计划、知识创新工程项目(KSCX2-EW-G-8)以及国家自然科学基金(61202167, 61303169, 11250110508)的资助。最新研究结果发表在国际开放获取期刊Scientific Reports上，天津工生所硕士研究生李元为论文第一作者。
生物信息学工具SSPKA的在线网络服务器和本地Java工具使用界面和结果输出示例的屏幕截图。(A) 网络服务器截屏； (B) 本地Java工具查询序列提交界面；(C)和(D) 本地Java工具的预测结果输出示例截图。
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