中国科学院黑土区农业生态重点实验室成立于2009年。实验室的总体定位是：立足我国东北粮食核心产区，针对东北黑土区农业生产中面临的重大生态科学问题，研究黑土质量演变过程与调控、农田生态系统物质循环与作物高产潜力的生理生态机制、退化黑土生态系统恢复和重建，揭示黑土农业生态过程的基本规律、驱动机制，为黑土保护与合理利用、农业生态系统结构优化和区域农业可持续发展提供科学依据。
实验室研究方向与主要研究内容：黑土质量演变与驱动机制、黑土区作物生产力与生理生态机制、黑土农田生态系统过程与结构优化。实验室近期重点支持领域是：围绕吉、黑两省粮食生产能力建设，开展黑土退化机理及肥力保育、主要作物生产力形成机制、潜力挖掘及关键技术研发、黑土生态系统过程及其养分、水分优化管理。2011年申请相关事项如下：
中国科学院东北地理与农业生态研究所40岁以下科技人员和博士研究生，中国科学院及其它科研单位、高等院校的科研人员，均可根据本实验室重点资助领域申请指南提出课题申请，经实验室学术委员会评议、批准后予以资助。